En el marco de la Contrareforma, la Inquisición trabajó activamente para evitar la difusión de ideas heréticas en España mediante la elaboración de sucesivos índices: se publicaron índices en 1551, 1559, 1583 y luego, en el siglo XVII, en 1612, 1632 y 1640. Estos índices eran listas de libros prohibidos por razones de ortodoxia religiosa que ya eran comunes en Europa una década antes de que la Inquisición publicara el primero de los suyos que era, en realidad, una reimpresión del publicado en la Universidad de Lovaina en 1550, con un apéndice dedicado a los libros españoles. Los índices incluían una enorme cantidad de libros de todo tipo, aunque prestaban especial atención a las obras religiosas y, particularmente, a las traducciones vernáculas de la Biblia.
Se incluyeron en el índice, en uno u otro momento, muchas de las grandes obras de la literatura española. También varios escritores religiosos, hoy considerados santos por la Iglesia Católica, vieron sus obras en el índice de libros prohibidos. En principio, la inclusión en el índice implicaba la prohibición total y absoluta del libro, so pena de herejía, pero con el tiempo se adoptó una solución de compromiso, consistente en permitir las ediciones expurgadas de algunos de los libros prohibidos. A pesar de que en teoría las restricciones que el Índice imponía para la difusión de la cultura en España eran enormes, algunos autores, como Henry Kamen, opinan que un control tan estricto fue imposible en la práctica y que existió mucha más libertad en este aspecto de lo que habitualmente se cree. La cuestión es polémica. Uno de los casos más destacados —y más conocidos— en que la Inquisición chocó frontalmente con la actividad literaria es el de Fray Luis de Leon, destacado humanista y escritor religioso, de origen converso, que sufrió prisión durante cuatro años (entre 1572 y 1576) por haber traducido el Cantar de los Cantares directamente del hebreo. Es un hecho, no obstante, que la actividad inquisitorial no impidió el florecimiento del llamado Siglo de Oro de la literatura española, a pesar de que casi todos sus grandes autores tuvieron en alguna ocasión sus más y sus menos con el Santo Oficio.