El tormento indagatorio era el que se infligía al sospechoso de un delito para conseguir su confesión y si procedía, aceptara que era el autor. No se podía condenar a nadie sin que antes el mismo admitiese su culpabilidad. Para que el hombre fuese torturado, era necesario que los indicios de culpabilidad de los que disponía el juez, fuesen suficientes a su criterio, como para atribuir el delito al acusado.
También podía ser puesto en tormento al reo ya confeso y sentenciado, para averiguar datos no manifestados en su primera confesión, (el nombre de posibles cómplices, conocer delitos no manifestados en la primera confesión, etc). El primer caso de aplicación de tormento que hemos encontrado documentado en los procesos de Crim (22 de junio de 1312).
Cuando la tortura se aplicaba se había de evitar que el trauma provocado al torturado fuese tan intenso como para provocar la muerte, pero lo suficientemente doloroso como para obtener su confesión. A veces este punto de equilibrio era difícil de alcanzar.
Con los años, para evitar la posible muerte de los reos, se requirió la presencia de un medico o cirujano mientras se infringía la tortura. Su misión primordial era la de aconsejar pararla si creían que peligraba la vida del torturado. En los procedimientos judiciales conservados, no aparece citada esta presencia cualificada de médicos o cirujanos en los tormentos hasta el año 1544. Cuando el tribunal lo consideraba necesario, era también encomendada al médico o al cirujano la misión de ir a visitar a los presos, para dictaminar si sus condiciones físicas le permitían soportar el trauma de la tortura sin peligro de morir.
Mientras se era torturado, era norma dejar a su alcance, pan, huevos y vino con tal de atrasar su desfallecimiento y que estuviese en buenas condiciones de soportar el trauma que el tormento le comportaría.
Los caballeros, maestros en leyes, mujeres embarazadas o con hijos lactantes o menores de 14 años, no podían ser torturados.
Las mujeres condenadas al tormento, acostumbraban a serlo como máximo una, dos o tres ligadas a la rueda. Generalmente solían confesar en hacerles la primera ligada o incluso en ver pulir la cuerda delante suya.