Los dogmas de Lutero se exponen en El Pequeño y Gran Catecismo (1529), en la Confesión de Augsburgo (1530), y en el Corpus Doctrinae Christianae de Melanchton (1560).
En un primer lugar se mantiene la afirmación de base: la fe es un don gratuito de Dios, es justificación total y completa, y aporta esperanza y caridad. La única fuente de fe, el canal por el que Dios la otorga, son las Escrituras, de las que Lutero rechaza algunos textos dudosos. Todos los fieles, con ayuda del Espíritu Santo, pueden interpretar las Escrituras en el sentido deseado por Dios. Sólo se debe considerar esta convicción interior, sin referencia a las autoridades humanas. La vida de la fe se expresa por el abandono a Dios en la seguridad de la salvación; por la recepción de los dos sacramentos instituidos por Dios: el bautismo, por el que se entra en la comunidad de los creyentes y la comunión, que es la participación de Cristo; por las obras, que no son medio de justificación, sino una forma de glorificar a Dios; por un culto, que es también acción de gracias, fundado en el canto colectivo, la predicación y la comunión. Dios es el único honrado, quedando excluidos los santos.
En segundo lugar, Lutero busca durante mucho tiempo una formulación satisfactoria en su doctrina eucarística. Para él, la Eucaristía no es, como para la Iglesia romana, una renovación del sacrificio de la cruz. La redención se realizó de una vez por todas, y es una ofensa a Dios pensar que hay que reproducir el sacrificio como si no hubiese bastado con la primera vez. Formado en la slecciones del nominalismo, rechaza la teoría ecolástica de la transustanciación formulada según las exigencias de la lógica aristotélica: la sustancia del pan y del vino se cambia por las palabras del padre consagrador en sustancia del cuerpo y de la sangre de Cristo, mientras permanecen los “accidentes” físicos, las apariencias sensibles del pan y el vino. Pero Lutero, profundamente místico, desea un contacto real con lo divino, a diferencia de sus adversarios zuinglianos, que se contentan con un simbolismo. Formula, pues, la teoría de la consustanciación: en la Eucaristía, por voluntad de Cristo, las sustancias del cuerpo y la sangre coexisten con las del pan y el vino, que subsisten material (apariencias sensibles) y realmente (esencias).
Finalmente, la eclesiología luterana es muy simple. La verdadera Iglesia es invisible, pues es la de los justificados por la fe. Todos son iguales ante Dios. No existe el sacerdocio, limitado a un grupo de fieles separados unos de otros. Las iglesias terrenales no hacen más que ayudar a los fieles. Los pastores son funcionarios que han recibido una formación espiritual que les cualifica para predicar y distribuir los sacramentos, pero no hay orden, ni votos, ni celibato obligatorio. Asimismo, Lutero rechaza el valor de la vida religiosa regular y la noción de votos perpetuos.
La doctrina luterana aporta a los fieles una profunda renovación de la propia concepción de la religión. La confianza del creyente en su salvación es una seguriad contra la angustia existencial. La simplicidad dogmática y litúrgica, el empleo de la lengua vulgar y la promoción de los laicos son otros tantos triunfos para el evangelismo. Pero Lutero desencadena un movimiento de pensamiento que le supera rápidamente.