Después de huir de Worms, Lutero fue recluido en el Castillo de Wartburg a petición expresa de Federico de Sajonia. Durante los diez meses que estuvo allí se dedicó por entero a la escritura. Todo aquello que escribía era rápidamente publicado y sus ideas comenzaron a aplicarse en Wittenberg de la mano del profesor de teología Andreas Bodenstein Karlstadt. En la obra “Contra el falsamente llamado estado eclesiástico del Papa y los Obispos” Lutero opina que la jerarquía de la Iglesia es totalmente inútil y que debería ser abolida. Como consecuencia Karlstadt quedó como líder espiritual de aquellos que se habían sumado a la causa luterana en Wittenberg tras la abolición de los cargos eclesiásticos. El proceso pronto se radicalizó ya que Karlstadt aplicó las propuestas de Lutero según su criterio. Estas reformas son:
- Abolición de confesiones y ayunos.
- Se eliminaron los cuadros y los crucifijos de las iglesias, y la música y el canto en las celebraciones.
- Sustitución del latín por el alemán en el oficio de la misa.
- Las hermandades, conventos y monasterios fueron disueltos y sus bienes confiscados por las autoridades civiles.
Los escritos de Lutero ocasionaron escándalos y tumultos entre la población hasta el punto de que el Reformador tuvo que abandonar en marzo de 1522 su refugio en el castillo de Wartubrg a petición de las autoridades locales civiles para que ayudara a poner orden. Para ello anuló algunas de las reformas de Karlstadt y se hizo con el control de la situación. A partir de este momento Lutero se dedicará a la construcción de las bases de su nueva iglesia reformada.