A la hora de consolidar su futura Iglesia Lutero tenía que tener ciertas cosas en cuenta ya que en su nueva iglesia no habrían ministros de la fe porque según él cualquier cristiano está capacitado para actuar como pastor por lo tanto decidió dejar en manos de cada comunidad la oportunidad de elegir a sus pastores de entre los hombres más capacitados para ellos.
Otra de las cuestiones fue la enseñanza que a partir de ahora estaría en manos de las autoridades civiles que se encargarían de sufragar los gastos. Una característica muy importante es que a partir de ahora la enseñanza también obsrevaría conocimientos laicos además de los religiosos. Para ello escribió “A los consejeros de todas las ciudades de Alemania sobre el deber de fundar y sostener escuela”.
Se encargó de la organización de los cultos y del modo de desempeñarse. En este sentido publicó en 1524 un Himnario con melodías que debían acompañar las celebraciones, muchas de las cuales estaban compuestas por él con música de Johann Walter.
A lo largo de los años, pero sobre todo durante los últimos de su vida Lutero comenzó a preocuparse por su legado y la educación de los jóvenes, los nuevos miembros de su recién fundada iglesia. Después de la visita a las escuelas circundantes Lutero escribió “Catecismo Mayor” y “Catecismo Menor” para adoctrinar a los jóvenes y para regular los servicios religiosos publicó “Misa Alemana”.