Desde 1536 la salud de Lutero comenzó a resentirse de forma muy acusada. Ese mismo años durante su estancia en Esmalcalda su estado de salud empeoró de tal forma que pensó que moriría. Padecía de múltiples enfermedades, pero había algo que le preocupaba aún más.
Además del dolor físico, Martín experimentó un dolor espiritual muchos más profundo. Se sentía muy decepcionado con los resultados de la Reforma, con la Iglesia católica y consigo mismo. La incertidumbre sobre el futuro de la Reforma y de la nación alemana lo apesadumbraban. La Iglesia Católica no había llevado a cabo una profunda reforma interna.
Dentro del seno de la Reforma numerosas divergencias que preocupaban a Martín como la que tenía con un profesor de la Universidad de Wittenberg, Agrícola, que había sido amigo suyo. Para él escrbió “Contra Agrícola de Eisleben”en esta obra lo acusaba de darle más valor an Antiguo Testamento que al Nuevo. Pero no todo eran divergencias religiosas, también las había de carácter político. En este punto queda reflejada la importancia de la política en el triunfo y consolidación de la Reforma. Un problema de este tipo que le preocupaba en particular fue la disputa entre el príncipe elector Juan Federico de Sajonia y el duque Mauricio de Sajonia no elector por cuestiones territoriales o el conflicto entre los duques de Mansfield Alberto y Gerardo que se peleaban por la custodia de ciertas propiedades.
Al final de su vida se dedicó a componer algunos escritos agresivos y polémicos contra teólogos de Lovaina y París así como a desarrollar un profundo sentimiento antisemita. Escribió “Sobre los judíos y sus mentiras” donde exponía acciones crueles que se debían llevar a cabo contra los judíos. Pero esto no había sido siempre así puesto que en 1537 les haía dedicado palabras amables ya que esperaba que algún día reconocieran al Mesías.