La cuestión morisca, es decir, el tránsito de musulmán a morisco, no se produjo en toda la península al mismo tiempo. El problema aparece antes en la Corona de Castilla y es posterior en la Corona de Aragón. En Castilla aparece con la conquista de Granada por los Reyes Católicos y las capitulaciones de 1492 que se producen tras la conquista. En estas nos encontramos que los Reyes Católicos se comprometían a respetar la identidad religiosa y cultural de los vencidos. Esta benevolencia para con los musulmanes es meramente coyuntural, ya que chocaba con el programa de unidad religiosa que planteaba la corona para la península.
Los Reyes Católicos ponen en marcha una política de conversión al cristianismo, lenta, con el fin de extirpar en islamismo. A esta política obedecen hechos como la expulsión en 1493 del rey de Granada, Boabdil, junto con otros musulmanes recalcitrantes de su corte que no querían cambiar de religión.
Los Reyes Católicos también inician campañas de evangelización dirigidas por el recién nombrado arzobispo de Granada, Fray Arnando de Talavera, hombre tolerante que aprende árabe para llevar a cabo su misión.
Esta política es lenta ya que también hay un trasvase de población cristiana vieja al reino de Granada con intención de llevar a cabo un proceso de culturización de los musulmanes. El reino de Granada es un territorio extenso que comprende las provincias de Almería, Granada, Málaga, Jaén y Murcia.
Estas fueron medidas pacíficas de asimilación, pero la corte de los Reyes Católicos tenía deseos más radicales. En 1492 tiene lugar la conquista de Granada y el decreto de expulsión de los judíos de España, que no querían convertirse.