La repercusión en el ámbito demográfico fue muy importante para algunas zonas como Valencia, que pierde 1/3 de su población total, además de la pérdida cualitativa. Los efectos más inmediatos fueron el descenso de la producción agrícola, la crisis de las manufacturas y el comercio. La expulsión también produjo una inflación económica motivada por:
- Los moriscos, antes de partir, sacaron a la venta todo aquello que no podían llevarse y lo vendieron a bajo precio, por lo que los precios bajaron.
- Acuñaron una moneda pequeña, el menut, que era de cobre, con la idea de comprar monedas de oro. Por esto, la Taula de Canvis de Valencia estuvo a punto de quebrar, por lo que hay malestar y se pierde credibilidad. Se dictaron bandos para retirar esa moneda falsa.
- El problema de los “Censales”, que es un problema grave. Eran una especia de créditos hipotecarios que se realizaban siempre que existiese el aval de una propiedad. Para restaurar el capital, a un cierto interés, tenían que pagar anualmente y en caso de no poder pagar, el prestamista se quedaba con la propiedad que había avalado el préstamo. A lo largo del siglo XVI, tanto moriscos como señores, debido al aumento de precios, estaban endeudados y solicitaban estos préstamos, con propiedades hipotecadas. Los prestamistas eran comerciantes, instituciones eclesiásticas, clérigos, viudas acomodadas… Con la expulsión, los prestamistas se quedaban sin cobrar los intereses, por lo que solicitaban que se ejecutasen los contratos que se habían firmado ante notario, para que pasasen las propiedades a su poder. Esto no se llevó a cabo porque la monarquía quiso proteger a la nobleza y a los señores valencianos, ya que si los contratos se hacían efectivos, los señores se quedarían sin la tierra, no podrían repoblar y dejarían de percibir las rentas. La monarquía impone entonces la “sisa”, que retrasaba el pago hasta que los señores pudiesen pagar.
Así, las clases burguesas acomodadas fueron las más perjudicadas. Esto llevó a la descapitalización del reino, ya que el capital que hacía falta a los señores no existía porque los prestamistas no cobraban los intereses para poder prestar dinero.
Existe un tema todavía por clarificar. Algunos autores afirman que después de la expulsión, hubo un proceso de refeudalización del campo valenciano. Otros autores no están de acuerdo con esto. Los historiadores que estudian las Cartas Pueblas, nuevos contratos de asentamiento de los nuevos colonos que repueblen las tierras abandonadas por los moriscos, descubren que los señores ponían cargas más gravosas a estos que la que gravitaban sobre los moriscos antes.
Principalmente observan que en muchos señoríos, a los colonos no se les obliga a pagar el canon anual en metálico, sino que se les obliga a que este pago se hiciese en especie, “partición de frutos”, pagando con un porcentaje del total de los cosechado. Los señores hacen esto para evitar el deterioro de sus rentas por miedo a que la inflación le restase valor al dinero. Este método es más gravoso para el campesino que pagar en efectivo; además, impusieron a los nuevos colonos otras cargas de tipo jurisdiccional, que empeoraban la situación con respecto a la que vivieron los moriscos. Muchos señores aumentaban los derechos de Regalía (explotación de los monopolios de que poseían) dando origen a un aumento de las cargas de antiguo origen feudal que en muchos casos habían desaparecido. Los historiadores que descubren estos hechos en las cartas pueblas apoyaron la idea de la refeudalización del campo valenciano.