El 9 de abril de 1609 se tomó la decisión de expulsar a los moriscos. Pero el proceso podía suponer problemas debido a la importancia en factores de población de dichos habitantes. Se decidió empezar por Valencia, donde la población morisca era mayor y los preparativos fueron llevados en el más estricto secreto. Desde comienzos de septiembre, tercios llegados de Italia tomaron posiciones en el norte y sur del reino de Valencia y el 22 de ese mes el virrey ordenó la publicación del decreto. La aristocracia valenciana se reunió con representantes del gobierno para protestar por la expulsión, pues ésta supondría una disminución de sus ingresos, pero la oposición al decreto fue disminuida ante la oferta de quedarse con parte de la propiedad territorial de los moriscos. A la población morisca se le permitió llevarse todo aquello que pudiesen, pero sus casas y terrenos pasarían a manos de sus señores, con pena de muerte en caso de quema o destrucción antes de la transferencia.
A partir del 30 de septiembre fueron llevados a los puertos, donde como ofensa última fueron obligados a pagar el pasaje. Los primeros moriscos fueron transportados al norte de África, donde en ocasiones fueron atacados por la población de los países receptores. Esto causó temores en la población morisca restante en Valencia, y el 20 de octubre se produjo una rebelión morisca contra la expulsión. Los rebeldes fueron reducidos en noviembre y se terminó con la expulsión de los últimos moriscos valencianos. A principios de 1610 se realizó la expulsión de los moriscos aragoneses y en septiembre la de los moriscos catalanes.
La expulsión de los moriscos de Castilla era una tarea más ardua, puesto que estaban mucho más dispersos tras haber sido repartidos en 1571 por el reino después de la rebelión de las Alpujarras. Debido a esto, a la población morisca se le dio una primera opción de salida voluntaria del país, donde podían llevarse sus posesiones más valiosas y todo aquello que pudieran vender. Así, en Castilla la expulsión duró tres años (de 1611 a 1614) e incluso algunos consiguieron evadir la expulsión y permanecieron en España.
La deportación de los moriscos granadinos se realizó en columnas de 1.500 a 2.000 personas, escindidas en escuadras de 500 individuos. Cada columna seguía un itinerario particular con el fin de asegurar un mejor avituallamiento. Como media, la expedición recorría un poco más de 4 leguas al día, y para evitar que los más fuertes escapasen, se les ataba con esposas.