El 22 de Septiembre de 1609, al hacerse pública la expulsión, los señores se quejaron. En las conversaciones entre el Duque de Lerma y estos señores valencianos, el primero convenció a los segundos, así a finales de ese mes el malestar de la nobleza ya estaba sofocado.
El 30 de Enero de 1609, el Consejo de Estado había decidido la expulsión, y debía comenzar por el Reino de Valencia, que era donde más moriscos había y más peligrosos eran. El 22 de Septiembre al hacerse público el bando en que se ordenaba que en el plazo de tres días después de leerse el documento, los moriscos debían dirigirse a los puntos indicados para embarcarse. El bando indicaba que:
- Se les permitía llevar los bienes muebles que pudiesen llevar y pena de muerte a los que destruyeran las tierras que debían pasar a los señores.
- 6 de cada 100 familias podían quedarse en España para evitar el deterioro de las haciendas.
- Podían quedarse aquellos que pudiesen certificar, a través de los párrocos, que seguían las costumbres cristianas, las familias formadas por cristianos viejos y moriscas y los niños menores de 6 años de matrimonio mixto, siempre que tuviese permiso paterno.
La aceptación del bando por los moriscos fue casi unánime, no quisieron aceptar ninguna excepción, prefieren marcharse. El 30 de Septiembre salía del puerto de Dénia el primer embarque hacia costas africanas con los moriscos de Gandía. Más tarde, los moriscos de Elche, Crevillente, Elda, Petrer, Albatera… partían desde Alicante.
Fue una rápida operación, que sorprendería a los españoles. El 14 de Enero de 1610, la operación estaba casi finalizada. Algunos altercados interrumpieron el ritmo, sobre todo a mediados de Octubre, cuando los moriscos de las montañas de la Marina Alta tuvieron noticias del recibimiento hostil de los norteafricanos a los primeros moriscos, habiéndoles maltratado, robado… y haciendo que se resistiesen a ser embarcados, estallando una pequeña revuelta. Los moriscos decidieron subir a las montañas y hacerse fuertes allí para defenderse, pero la revuelta fue corta. Cinco días después, los moriscos catalanes secundaron la acción de los valencianos, reuniéndose cerca del Valle de Laguart en un campamento para repeler los ataques cristianos. Su resistencia no fue muy grande, ya que el ejército profesional cercó la sierra, les cortó el aprovisionamiento y las reservas de agua… sin enfrentamiento armado pues había muchas mujeres, niños y ancianos. Los rebeldes se rindieron porque vieron que aguantar era un suicidio, ya que no tenían opciones de victoria. Los cristianos ejecutaron al caudillo de este grupo morisco.
En muchas poblaciones de cristianos viejos se formaron milicias populares que decidieron ir a la guerra, como una cruzada, pero tan sólo les interesaba la lucha y el botín. La historia de la revolución de Laguart fue exagerada por la historiografía, con tintes dramáticos, sobre todo en el siglo XIX.
Cuando descendían los moriscos, los milicianos los saquearon y se apropiaron de niños en contra de la voluntas de sus padres. En Alicante se encontró una lista de 200 niños tutelados por cristianos viejos en una situación similar a la esclavitud. Estos niños son repartidos entre eclesiásticos, canónigos y casa de abogados, maestros… que los cristianizaban y los tenían como siervo.
El total de los niños que existía en el reino se puede documentar en unos 2300 niños en la misma situación que los anteriores.
Un documento que recupera el historiador de Novelda, Sala Canellas, resume el efecto dramático de la expulsión, redactado por el párroco de la ciudad, mostrando la colaboración de los moriscos a abandonar la península.