La década de los 60 es de grandes tensiones, que suben entre 1568 y 1570, con una revuelta en el Reino de Granada, que adquiere la categoría de guerra. En esta guerra de Granada, los moriscos de la Alpujarra y Granada se rebelaron y ofrecieron una dura resistencia contra los cristianos durante dos años. En 1570 tiene lugar la revuelta. Tras la conversión de los moriscos granadinos en 1500 por los Reyes Católicos, muchos se van al norte de África, pero una parte importante de la población mora convertida se queda en Granada y en la zona montañosa de la Alpujarra (Almería, Málaga y Granada). Su situación es diferente a los de la Corona de Aragón. Los moriscos granadinos habían vivido solos como súbditos de un reino islámico hasta 1492, fecha en la que soportaron la colonización por parte de los cristianos viejos, que se convirtieron en funcionarios, eclesiásticos y colonos agrícolas en las poblaciones donde vivían ellos. Los colonos cristianos viejos no aceptaban la situación económica de los moriscos granadinos que, a diferencia con los de Aragón, poseían sus propiedades agrícolas y se dedicaban a la artesanía y al comercio, sobre todo de la seda, en focos de Granada, Málaga y Almería. Estos productos eran exportados a Italia y obtenían grandes beneficios económicos. En la Sierra de la Alpujarra se encuentran las moreras que producen la seda.
La presión sobre esta economía floreciente es muy dura por parte de:
- La Hacienda Real, con impuestos crecientes para participar de ingresos moriscos.
- La presión de los colonos cristianos viejos, que querían apropiarse de estas tierras apoyados por la corona que los protegía, exigiendo a los moriscos que mostrasen títulos de propiedad de la tierra y si no lo hacían debían pagar fuertes tasas, perder la propiedad o permitir que estas pasasen a los colonos cristianos.
Esta presión fue la política sostenida entre 1550 y 1565, que creó un gran malestar. Coincidió con la expansión del poderío islámico en el Mediterráneo; berberiscos y turcos se encontraban frente a la costa andaluza:
- En 1558, una armada de 4000 piratas argelinos atacaron y saquearon Berja.
- En 1559, un contingente turco-argelino atacó el castillo de Fuengirola.
- En 1560, los corsarios berberiscos capturaron la población de una pequeña villa.
- En 1565, unos corsarios de Tetuán entran en Andalucía y derrotan a un ejército regular español, adentrándose 40km en la Alpujarra, llevándose un gran número de moriscos.
Ante todos estos accidentes, el odio hacia los moriscos iba en aumento, pero la población morisca seguía creciendo gracias a los altos índices de natalidad. Así que el 1 de Enero de 1567 (aniversario de la toma de Granada), Felipe II comienza una dura represión morisca con el inquisidor general, Don Diego de Espinosa, quien promulgó un duro edicto y un nuevo funcionario encargado de que se cumpliera este edicto fue el presidente de la Audiencia granadina, Don Pedro de Dreza.
El edicto decía que todos los moriscos granadinos debían aprender castellano en 3 años, y a partir de ese momento estaba prohibido leer, escribir y hablar árabe; debían abandonar sus nombres y apellidos musulmanes, al igual que su ceremonial cultural, cerrar sus baños públicos, no practicar el Corán…
Los moriscos creyeron que podían negociar, por lo que envían un procurador a la a la corte para protestar ante Felipe II. Buscan un líder, Francisco Núñez Mulei, para que hable con Diego de Espinosa en la Audiencia de Granada. Le explica que la represión no sería buena ni para la economía ni para la corona, y que algunas costumbres podían practicarse por no ser incompatibles con el cristianismo, pero Dreza expresó que Felipe II valoraba la religión por encima de la economía.
Tras un año de negociaciones, en 1568 estalla la revuelta, que fracasa, salvo en la montaña de la Alpujarra, donde sí tiene éxito encabezada por Fernando de Valor, que recupera su nombre árabe, Aben Omeya, y fue nombrado rey de los moriscos granadinos. En Marzo de 1569 la guerra ya está en marcha. De 150.000 moriscos, más de 50.000 estaban armados tras contactar con el norte de África, reciben armas de Argel. Incluso intentaron contactar con los turcos, pero el sultán aprovechó la conflictividad para atacar Chipre. Las tropas españolas se encontraban a las órdenes del Duque de alba en los Países Bajos en 1569. La guerra se eterniza y los moriscos estaban venciendo, y en Enero de 1570, Felipe II, en apuros, hace intervenir a su hermanastro Don Juan de Austria con un ejército profesional de italianos y castellanos. En Octubre del mismo año la rebelión se da como sofocada y se dan órdenes a finales de ese mes de la deportación masiva de los moriscos de Granada, tanto rebeldes como no. Esposados estos, fueron trasladados y repartidos por aldeas de Extremadura, Galicia, La Mancha y Castilla la Vieja.
Diseminados y alejados de la costa pasan a ser una mano de obra barata. De los 150.000 moriscos, más de la mitad perecieron en la revuelta. Granada y la Alpujarra quedaron prácticamente vacías de moriscos, y se inicia el proceso de repoblación. De cerca de 400 aldeas moriscas que quedaron vacías, sólo 270 fueron repobladas con aproximadamente 12.000 familias de cristianos viejos.
La corona hace su negocio, incauta las propiedades moriscas y las saca a la venta, entre los repobladores, pero Granada no volvió a tener su esplendor pasado. Las deportaciones no solucionaron el problema moro, sino que se extendió el conflicto a otros puntos de la península y se reavivó la animadversión de los cristianos viejos frente a sus vecinos moriscos.