En el año 1549 Carlos V envió un plan detallado para la educación de su nieto Don Carlos desde Bruselas. Las preparaciones para el cargo del soberano fueron un tiempo muy duro para el joven príncipe. Para la mayoría de la gente, la infancia es la óptimo tiempo en su vida. Pero para Don Carlos fue un tiempo en que sufrió mucho. Él perdió características como su independencia, alegría y naturalidad. En este periodo de la vida, Don Carlos creció sin su madre pero en medio de un corte. Esta situación fue muy difícil para el príncipe. Fue controlado y escrutadopermanentemente por mucha gente. Cuando Don Carlos tenía siete años, Antonio de Rojas fue su educador. Felipe II apreció mucho a él y tuvo muchaconfianza en él también. Antonio de Rojas hizo un plan de estudios para el príncipe y quiso liberar el joven Don Carlos de las manos de sus dos tías. Fue su primera dirección masculina. El cortes del príncipe consistió de los mejores señores que fueron miembros de las mejores familias de España. Tras la muerte de Antonio de Rojas él fue sustituido por Don García de Toledo, que fue un hermano del duque de Alba. Para la dirección de los estudios de su hijo, Felipe I elegió honorato Juan, quien fue famoso por su intelegencia y austero. Un fraile enseñó los conocimientos básicos de latín a Don Carlos. Don García de Toledo tomó su tareas educativas muy serio. Siempre escribió cartas a Carlos V y Felipe II en las que les informó sobre los progresos de estudios del príncipe. Al comienzo Don Carlos fue aplicado y estudió bien. Pero poco después declinó su empeño. Don García informó aCarlos V y Felipe II sobre la inquietud y el nerviosismo del príncipe. Don Carlos recibió los libros más fáciles. Desde Bruselas Carlos V recomendó que el joven príncipe no debe tener trato con mujeres. El segundo educador del príncipe se puso Hernán Suarez. Don Carlos no hizo progresos en sus estudios. Estaba muy enfermo para tiempos largos. Por eso no puso estudiar. Solamente estudió a disgusto. Este hecho puede resultar de su mal estado mental. No mostró aficiones para prácticas caballerescas. Tampoco fue interesado en practicar la esgrima. Solamente se esforzó cuando recibió un premio después. Don Carlos montó a caballo con indignado. Para evitar más heridas no tuvoque hacer lo mucho. En el año 1561 el príncipe se mudó a Alcalá. En esta ciudad vivía para muchos años durante su infancia. Sus amigos de la misma edad Don Juan de Austria y Alexander Farnese estudiaron con el príncipe en la Universidad de Alcalá. Existen solamente pocas informaciones sobre sus estudios en este tiempo. Alcalá es muy cerca de Madrid. Por eso el rey se informó mucho sobre los progresos de su hijo y visitó a él muchas veces. Los educadores de Don Carlos tambíen viajaron a Madrid para informar a Felipe II.