A partir de 1590, tras la marcha del duque de Parma a Francia –donde morirá en 1592–, los rebeldes holandeses, liberados de la presión a la que les sometía el duque, pudieron tomar la iniciativa. Por otro lado, la crónica falta de dinero de la monarquía hispánica provocó un periodo de continuos motines entre los años 1589 y 1607, que limitaron la capacidad del ejército. En 1590 los holandeses conquistaban Breda por sorpresa. Entre 1591 y 1592 consiguieron ocupar gran parte de las provincias de Güeldres y Overijssel, situadas al norte de los ríos Rin y Mosa, y en julio de 1594 completaban la conquista de la provincia de Groninga en el norte, con lo que se creaba un frente más corto, desde Sluis, en el mar, hasta el ducado de Cléveris, al este de Nimega.
En 1595 Felipe II nombró gobernador de los Países Bajos al archiduque Alberto de Austria, el esposo de su hija Isabel Clara Eugenia, los cuales se convirtieron, a la muerte del rey en 1598, en soberanos de los Países Bajos, al heredar aquella la corona. La defensa y la política exterior del país quedaron de todas formas en manos de la corona española.
Tras la muerte de Guillermo de Orange, el mando del ejército de las provincias rebeldes pasó a su hijo Mauricio de Nassau-Orange, que lo reformó, haciendo de él un peligroso oponente al ejército de Flandes, como demostró en la batalla de Nieuwpoort, donde por primera vez las tropas holandesas vencieron a la españolas en campo abierto.