Tras la derrota en Francia de la Liga Católica y sus aliados españoles, el nuevo rey de Francia, Enrique IV conseguirá extender su influencia por el sur de Alemania, Suiza y el norte de Italia hasta que en 1601 cae en su poder todo el Camino Español, cortando las comunicaciones por tierra entre la Lombardía y Flandes.
La muerte de la reina Isabel en 1603 abre el camino para una paz con Inglaterra que acaba con la ayuda que prestaban los ingleses a los holandeses.
El 29 de septiembre de 1603 se entrega a Ambrosio Spínola el mando de las tropas que llevan dos años sitiando la ciudad de Ostende con la promesa de reconquistarla en el plazo de un año, lo cual logra el 22 de septiembre de 1604. Gracias a su victoria fue nombrado maestre de campo general y el año siguiente superintendente de Hacienda, con lo que se hacía con todo el mando y los ingresos del ejército.
Ya desde 1600, Felipe III quería una tregua en los Países Bajos que los holandeses rechazaban, ya que su situación era mucho mejor que en épocas anteriores, pero la toma de Ostende dejó libre al ejército para iniciar de nuevo la ofensiva. Durante 1605 y 1606 el ejército de Flandes flanquea la barrera defensiva construida por los holandeses y consiguen tomar las ciudades de Oldenzaal, Lingen, Wachtendonk, el castillo de Cracau, Lochem, Groenlo, Bredevoort, Rheinberg y derrotar a Federico y a su hermano Mauricio de Nassau en la batalla de Mülheim. Pero pese a estas victorias no puede penetrar profundamente en el territorio rebelde. La falta de pagas para los soldados provocó que se produjeran los mayores motines de tropas ocurridos hasta entonces y que hacían inviable continuar con la campaña. El 14 de diciembre el Consejo de Estado aconseja al rey abandonar Flandes. Inesperadamente los holandeses hicieron una oferta de cese de hostilidades y la lucha finalizó el 24 de abril de 1607. Las negociaciones continuaron hasta el 9 de abril de 1609 en que se firma la Tregua de Doce Años.