Para comprender mejor el papel que desempeñaba la Iglesia durante el reinado de los Reyes Católicos, Carlos V y Felipe II hay que tener en cuenta algunos aspectos importantes.
En primer lugar, es primordial recordar que en el siglo XVI la Iglesia no era una institución separada de la Monarquía, más bien todo lo contrario, iban parejas una de la otra. Por otro lado, las esferas del poder religioso (Iglesia) y del temporal (Estado) no estaban tan definidas como lo estarían a partir de la Ilustración. Hasta ese momento, pues, la sociedad (y no sólo la española) se caracterizaba por ser una sociedad completamente sacralizada, en la que prácticamente todo, desde el ámbito político hasta el ámbito de lo más cotidiano, estaba supeditado a lo religioso.
De esta manera se puede entender mejor la política, tan ligada al ámbito de lo eclesiástico, que llevaron a cabo los reyes españoles durante la Edad Moderna; y los poderes y atribuciones de los que disponía la Iglesia, cuyo control fue uno de los objetivos permanentes de la Monarquía, si bien esto no significaba que no tuviera relación con ella.