Con tan sólo 17 años, Carlos V, nieto de los Reyes Católicos, se convirtió en el heredero de un vasto imperio, resultado de las distintas herencias territoriales que numerosos familiares le legaron.
En este sentido, al ser nieto del emperador Maximiliano, a la muerte de éste (1519) Carlos V recibió la noticia de su elección como futuro emperador del Sacro Imperio Germánico, aunque no fue proclamado emperador hasta el 24 de febrero de 1530. Así nos resume Lynch el problema de la nueva elección del nuevo emperador a la muerte de Maximiliano I:
La titularidad del Sacro Imperio Germánico llevaba casi un siglo en manos de los Habsburgo. A la muerte de Maximiliano I, en 1519, el título quedó en disputa, pues no había sido coronado por el papa, requisito para legarlo en herencia. Carlos I, nieto de Maximiliano, Francisco I de Francia y Enrique VIII de Inglaterra fueron los principales candidatos.
Centrándonos en el ámbito religioso, Carlos V fue un hombre profundamente religioso, de manera que se formó un alto concepto de su dignidad de emperador y se consideró como el protector de la cristiandad. Para él “catolicismo” equivale a “sentimiento nacional”, y debido a eso, defender a la Iglesia es para él como defender la unidad de España. Así, topamos de nuevo con la tradicional relación Iglesia-Estado que venimos considerando como característica de la época moderna. De forma que Carlos V jugaría un papel importantísimo en la lucha con el incipiente protestantismo y en la reafirmación de la fe cristiana frente a los protestantes. En este sentido, la intervención del emperador Carlos fue decisiva para la preparación y realización del Concilio de Trento en sus dos primeras etapas: desde 1545 hasta 1549 y desde 1551 hasta 1552. Felipe II, del que hablaremos más adelante, será una pieza fundamental también en este concilio entre 1562 y 1563. Tras varias interrupciones, el concilio, que fue inaugurado en 1545, logró culminar en 1563, definiendo los dogmas fundamentales de la fe católica y estableciendo las bases de la reforma eclesiástica que tanto se necesitaba. En la Instrucción que Carlos V redactó en Augsburgo en 1548, aconsejó a su hijo como objetivos prioritarios de la monarquía hispánica los siguientes:
- Mantener la unidad católica
- Contribuir a la reanudación del Concilio, inaugurado tres años antes
- Acatar a la Santa Sede
- Conceder beneficios eclesiásticos a personas dignas
Carlos V creyó necesaria la realización de un concilio porque el concepto medieval de emperador conllevaba que cuando la cristiandad atravesaba una situación difícil era obligada la convocación de un concilio. La idea de alcanzar un acuerdo con los luteranos, idea que terminó en fracaso, también le llevaron a la aceptación del concilio.