El dominico Fray Tomás de Torquemada (1420-1498) fueconfesor, desde 1474, de los Reyes Católicos. En 1483 fue designado Inquisidor General de Castilla y, en 1487, Gran Inquisidor de España. Observador riguroso de la ortodoxia, a lo largo de una década persiguió con saña toda doctrina ajena a la católica y a todo aquel susceptible de ser tenido por hereje o falso converso.
Esta es una breve pero sucinta y precisa descripción que nos ofrece John Lynch en la obra Monarquía e Imperio: el reinado de Carlos V. Torquemada, al ser nombrado Inquisidor General, de alguna manera fue el que confirió a la Inquisición su organización definitiva. De esta manera, Torquemada promulgó las Instrucciones que habrían de seguir los inquisidores. La siguiente imagen corresponde a la bula proferida por Inocencio VIII (1432-1492) en la que reconoce el nombramiento de Tomás de Torquemada como Inquisidor General.
Torquemada tenía la potestad de poder cambiar las normas tradicionales de la Inquisición si así lo creía conveniente y eso hizo que el Consejo de la Suprema y General Inquisición fuese una institución independiente de Roma y el Papado (objetivo que persiguieron en todo momento los Reyes Católicos, pues buscaban ser ellos y no el Papado los “responsables” de dicho Consejo en España para tener plena libertad en cuanto a su funcionamiento y sus objetivos).
Torquemada fue un acérrimo defensor de la expulsión de los judíos de España, por ello apremió a los Reyes Católicos a firmar un decreto, en marzo de 1492, el denominado Edicto de Granada, que obligaba a la marcha de la importante comunidad judía de la península con fecha del 2 de agosto de 1492. Fray Tomás de Torquemada es una muestra más de la relación Iglesia (pues era un dominico) y Estado durante el reinado de los Reyes Católicos.