En 1762, la publicación de El contrato social fue causa de su expulsión de Francia, refugiándose en Neuchatel. Uno de los temas ,fundamentales de la obra es la soberanía (tema fundamental de la filosofía occidental de la modernidad). Para el autor soberanía es sinónimo de voluntad general, en tanto que sólo la voluntad general del pueblo puede constituirse en ley. Esta es indivisible y no puede ser representada. Por lo tanto la soberanía radica en el todo (el pueblo en su totalidad), no puede dividirse en partes (como los poderes) y menos todavía ser representada por un parlamento electo (porque de esta manera el hombre sería libre solo cuando elige a sus representantes legisladores, pero después volvería a ser esclavo). Soberanía y Estado son términos inseparables, en tanto que el Estado se mantiene en el poder soberano. De esta manera para Rousseau el principio fundante del Estado Moderno debería ser netamente democrático, ya que el poder soberano solo es tal, cuando es la expresión de la voluntad general de todos los ciudadanos de un Estado. La voluntad general del pueblo es el denominador común de todas las voluntades particulares. Esto suena algo utópico, pero el autor contesta diciendo que si entre un grupo de hombres no hubiera ningún interés común a todos, que los pueda unir, seria imposible pensar en la sociedad civil y menos en un contrato social fundante de un Estado.
Sólo en un Estado fundado en un principio democrático, donde el poder soberano es la voluntad general de todos, el hombre puede ser realmente libre, existir auténticamente. Porque el hombre de esta manera sólo se somete a la ley que él mismo se dicta. Ni en el Estado de Naturaleza (donde está atado a sus pasiones, o bien, a las de otro) ni en otro tipo de Estado puede llegar a serlo realmente. Sin embargo, define a la voluntad general como un principio o guía moral. De allí que sea infalible.
Pero no hay que confundir este principio fundante del Estado (a saber que solo la votación de todos puede crear ley) con el régimen o forma de gobierno. Una cosa es la forma de Estado y otra su régimen político.
El gobierno es el órgano encargado de ejecutar la voluntad general del pueblo. La ley, como expresión de la voluntad general, debe también apuntar siempre al todo y nunca a un particular. Por eso es necesario un gobierno que aplique la ley a las partes, pero éste no puede nunca dictarla, solo el pueblo entero puede hacerlo. Para Rousseau no hay un régimen político ideal o por excelencia, el tipo de régimen dependerá de la situación geográfica donde se asiente la sociedad civil y su consecuente Estado. En territorios pequeños es conveniente una democracia como forma de gobierno, en territorios medianos una Aristocracia y en un territorio grande una monarquía.
Rousseau propugnaba la soberanía del pueblo que identificaba solamente con los varones. Su concepción sobre las mujeres puede conocerse a partir de su tratado de educación femenina “El Emilio” donde cuestiona la igualdad que propugnaba ya que solamente incluía a los varones. Lo vemos así en afirmaciones como la siguiente: