A finales del XVII con el estallido de las “guerras cosacas”, revueltas por parte de los cosacos de Ucrania, que pertenecía a Polonia, comienza el declive definitivo del país.
Con estas revueltas, la dinastía Vasa cae y se crea un vacío de poder aprovechado por los rusos para ocupar Polonia y tomar diversos emplazamientos como Ucrania. Estas guerras entre polacos y rusos dejaron muy debilitada a Polonia, que fue aprovechado por el ejército sueco en 1655, para invadir casi todo el país, mientras rusos y cosacos invadían los territorios orientales.
Pero se produjo un punto de inflexión con la derrota sueca en la defensa del monasterio de Jasna Góra. A pesar de que los suecos fueron derrotados, las guerras por todo el país dejaron graves daños en la mancomunidad y una gran pérdida de población debido a los conflictos y las hambrunas. Además, esto llevo a la perdida de la soberanía polaca sobre Prusia.
Esta época de invasión sueca se conoce como el diluvio y finalizo con el Tratado de Oliva en 1660. Con este la mancomunidad polaco-lituana tuvo que renunciar a Livonia y conceder la independencia del Ducado de Prusia.
Este diluvio supone el fin de la época dorada de la república de las dos naciones, y con ella su importancia en el plano europeo.