Felipe II se casó 4 veces :
- 1e matrimonio : el 15 de noviembre de 1543 con María Manuela de Portugal, con quien tuvo un hijo: Carlos (1545 – 1568)
- Segundo matrimonio : el 25 de Julio de 1554 con María I de Inglaterra. No tuvieron hijos juntos.
- Tercer matrimonio : el 22 de junio de 1559 con Isabel de Valois , con quien tuvo dos hijas: Isabel Clara Eugenia (1566 – 1633) y Catalina Micaela (1567 – 1597).
- Cuarto matrimonio : el 12 de noviembre de 1570 con Ana de Austria, con quien tuvo cuatro hijos y una hija: Fernando (1571 – 1578) , Carlos Lorenzo ( 1573 – 1575 ) , Diego Félix ( 1575 – 1582), Felipe (1578 – 1621) y María ( 1580 – 1583).
De todos ellos, solo uno sobrevivió el infante Felipe, su último hijo varón, que acabaría siendo Felipe III.