No todo durante su reinado fueron éxitos para Felipe II, tuvo que hacer frente al ejército francés durante dos épocas, una desde que subió al trono hasta 1559 por erigirse como la potencia hegemónica en Italia y otra ya al final de reinado entre 1595 y 1598. Que enfrentó a España contra Francia, por los problemas derivados de la guerra de religión francesa.
Este no fue su único enfrentamiento con potencias europeas también se enfrentó ante la Inglaterra de Isabel II, con resultados muy negativos para la flota española en la década de los 80, perdiendo el primer puesto entre las flotas navales.
También chocó contra el Imperio Otomano, por hacerse con la hegemonía del mar mediterráneo, a finales del reinado de Felipe II, los otomanos perdieron interés en el mediterráneo y se centraron en ampliar sus dominios en el este.
Pero el gran problema y que supuso la fragmentación del Imperio de Felipe II fue el intento de independencia de los Paises Bajos, cuyo apartado desarrollaremos en otra entrada.
Bueno en estos primeros párrafos comentaremos más detenidamente los conflictos internacionales en los que se vio involucrado Felipe II, comenzaremos por el problema francés. Francia estaba en conflicto con España por diversos estados de la zona italiana ya desde años de Carlos I, había un enorme interes en esta zona, puesto que era de las más desarrolladas de Europa, junto a los Paises Bajos y aportarían muchos beneficios a la nación que se impusiera. Las zonas en conflicto principalmente eran Saboya, Piamonte y Milán. Finalmente todo se acabó cuando el ejército español derrota al francés en la batalla de San Quintin en 1557, dos años más tarde se firmó la paz de Cateau-Cambrésis en la que Francia se olvidaba de la zona italiana, quedando esta bajo la influencia de Felipe II.
El otro conflicto que enfrentó a ambas naciones fue a finales de siglo. Durante estos últimos años, Francia estaba sumida en una crisis interna en materia de religión que fragmentó en dos bandos a la población, hugonotes y los católicos defensores de la autoridad papal. La monarquía española estaba apoyando a la nobleza pro-católica para que se impusiera y reestableciera el orden. Pero tras unos convulsos años y la subida al trono de Enrique IV, un hugonote, pese a que se convirtió para poder subir al trono. Este decidió luchar contra España para de esta forma unir a los franceses e intentar terminar con los problemas religiosos, (dio libertad a ambos bandos para ejercer su religión). Esta guerra discurrió durante tres años, (1595-1598) y terminó sin victorias claras para ningún bando con el tratado de Vervins.
El problema Inglés, ya se venía fraugando desde finales de la década de los 60 con ataques ingleses a posesiones españolas en América, estos ataques ocasionales siguieron ocurriendo durante años, pero la tensión incrementó sobre los años 80, cuando Inglaterra expulsó al embajador español en las islas británicas, los españoles confiscaron las naves inglesas en Portugal y en España. Pero el punto clave fue cuando Drake un navegante Inglés que arrasó Vigo y posesiones españolas en América. Esta acción inició los planes de España de invadir Inglaterra, en 1588 ya estaba preparada la expedición que sufrió diversos problemas como la muerte de Álvaro de Bazán, el jefe de la ambiciosa expedición. Esto supuso un augurio de lo que finalmente pasaría la escuadra española sufrió el mal tiempo y se vio sorprendida por la inglesa que ocasionó la ruptura de la formación española, algunas naves fueron destruidas por al artilleria española y otras se desperdigaron por el mar, finalmente solo llegó a puerto español un tercio de las naves enviadas. Esta derrota supuso que la acción piratesca se intensificará en América, ya que la flota española había perdido su supremacia naval.
Por último el problema otomano, a partir de 1564 se fue debilitando el poder otomano y se fueron sucediendo las derrotas en las aguas mediterráneas, pero lo que supuso que los otomanos se olvidaran de expandirse por Europa fue la derrota sufrida en 1571 en la famosa batalla de Lepanto. En esta batalla los otomanos tuvieron que hacer frente a una unión entre varias naciones europeas, que se unieron para eliminar el problema musulmán y reivindicar el cristianismo. Estas naciones coaligadas eran Génova, España y el poder papal. Esta batalla fue un choque imprevisto entre ambos bandos en el golfo de Lepanto, la flota cristiana encerró a la turca y destruyó a casi todas sus naves, ganando de esta forma dicha batalla. Esto ocasionó que los otomanos dejaran de intentar expandirse por Europa y se centraran en Persia, reduciendo su intervención en la zona a ataques piratescos.
En general se puede decir que España salió bien parada de estos conflictos, excepto en el caso Inglés. Lo que permitió a Felipe II aumentar su hegemonía en Europa y seguir fuerte con su gran Imperio.