La Guerra de Sucesión Castellana concluyó en 1479 con la firma del Tratado de Alcáçovas, que reconocía a Isabel y Fernando como reyes de Castilla y concedía a Portugal la autoridad en el Atlántico, con la excepción de las islas Canarias. Juana la Beltraneja perdió su derecho al trono y tuvo que quedarse en Portugal hasta su muerte. El Tratado de Alcáçovas fue firmado en Alcáçovas, Portugal el 4 de septiembre de 1479 por los Reyes Católicos, Isabel de Castilla y Fernando de Castilla y Aragón y por el rey Alfonso V de Portugal y su hijo Juan. El tratado fue ratificado por el rey de Portugal el 8 de septiembre de 1479 y por los Reyes Católicos en Toledo el 6 de marzo de 1480, por lo que también se le conoce como Tratado de Alcazovas-Toledo.

Cláusulas principales:

• Poner fin a las hostilidades entre Castilla y Portugal, que habían aumentado durante la Guerra de Sucesión Castellana (1475-1479)
• Alfonso V renuncia al trono de Castilla y los Reyes Católicos renuncian al trono portugués
• Distribuir los territorios del Atlántico entre los dos países
• Portugal mantiene el control sobre sus posesiones de Guinea, la Mina de Oro, Madeira, las Azores, Flores y Cabo Verde
• Castilla tiene control sobre las islas Canarias
• Reconocer que Portugal tiene la exclusividad de la conquista del Reino de Fez en África
• Establecer el destino de la reina / princesa Juana en caso de abandonar el convento, que no tuvo que ser aplicado. Juana eligió la opción religiosa, tomando el hábito el 15 de noviembre de 1480. Aunque ella era activa en la vida política hasta su muerte, nunca abandonó el hábito
• Formar un contrato de matrimonio entre Alfonso, heredero portugués, e Isabel, primogénita de los Reyes Católicos. Estos dos documentos son llamados las Tercerías de Moura
• Perdonar a los castellanos juanistas

Las estipulaciones del tratado se aplicaron inmediatamente. En abril de 1480, el rey Alfonso V envió instrucciones para ahogar a los marineros de todos los barcos no portugueses que fueran interceptado en las aguas asignadas a Portugal. Mientras tanto los Reyes Católicos hicieron cumplir el Tratado a sus súbditos. Los con licencias del rey de Portugal pudieron seguir comerciando en Guinea sin problemas. Pero no todos las solicitaron, y a partir del año 1480 había un montón de expediciones ilegales y casos de piratería. De hecho en 1489 los Reyes estimaron necesario recordar la prohibición de entrar en las aguas y tierras de Portugal y de capturar barcos portugueses.