Después de la muerte de Alfonso I, dos soberanos congoleses, Pedro I y Francisco I, sólo reinan poco tiempo. Su sucesor, Diego I Nkungi Mpudi a Nzinga pide al soberano de Portugal que le envíe nuevos misioneros; es preciso decir que muchos de los que se enviaban morían rápidamente por las fiebres. En 1547 llega un grupo de jesuitas que realizan conversiones masivas. Pero muy pronto entran en conflicto con Diego I, que los expulsa.
Los portugueses de San Salvador parece ser que animaron a Diego a lanzar contra su vecino meridional y más o menos vasallo, el Ngola del Ndongo, una compaña que se desarrolla mal; es el Ngola quien, después de haber rechazado a las tropas del rey de Congo, invade y devasta las provincias del Sur. En el transcurso de esta expedición
aparecen las bravas hordas de los jaggas.
Uno de los sucesores, Alvaro que sube al trono en 1568, ve su reino invadido por los jaggas hasta el punto de que debe abandonar su capital, San Salvador, que es devastada, y se refugia en una isla del río Congo. Pide auxilio a Sebastian de Portugal que le envía, en 1570, una tropa de 600 hombres con la que rechaza a los jaggas. Después de una tentativa infructuosa para reconquistar al Ngola del Ndongo los territorios del Sur, debe renunciar a ello y reconocer la nueva frontera sobre el río Dende. Sin embargo, el rey de Congo conserva la poseción de la pequeña isla de Loanda, un poco más al Sur, donde se pescan cauris y donde los negreros europeos instalan un mercado de esclavos.
Los portuguese se aprovechan de la rivalidad entre el rey de Congo y el Ngola de Ndongo; en 1575 envían a este último a Paulo Díaz de Novais con siete buques, 700 soldados, algunos padres capuchinos, y un título que le confiere la propiedad de las tierras de las que pueda posesionarse. Es así como se sientan las bases del futuro Angola portugués. El objetivo real de esta misión es organizar el mercado de esclavos. Su política, la de los mercaderes y la de los gobernantes, en la medida en que apoyan a los mercaderes, va a consistir en favorecer las querellas entre las tribus y naciones africanas rivales, aprovisionándolas en fusiles que se pagan con cautivos que envían a Nuevo Mundo.
Alvaro II, el hijo de Alvaro I, le sucede a finales de siglo XVI. También él envía una embajada al soberano de Portugal, que a la sazón en Felipe II, rey de España; uno de sus objetivos es propocionar esclavos a las plantaciones españolas del Nuevo Mundo. Alvaro II pide el envío de nuevos misioneros, que le es concedido. Obtiene que la Santa Sede que sea creado un Obispado en San Salvador, siendo el obispo un portugués. No obstante, a pesar de estas manifestaciones de celo crisriano, los portugueses le consideran un aliado poco seguro. Incluso es posible que tanto la pedición de misioneros como la de creación de un obispado africano, tuviera por objeto, en la mente de Alvaro II, contrarrestar la actividad de los negreros y pedir apoyo de la Santa Sede contra ellos. Este apoyo fue efectivamente pedido; pero fue
otorgado débilmente y sin eficacia. Los portugueses y los jesuitas prefieren emplear su esfuerzo en Angola, cuyo gobierno parece más manejable: allí transfieren el centro de su acción, tanto misional como comercial y esclavista.