Alejandro VI. murió el 18 de agosto de 1503 por la tarde. De acuerdo con los rumores el cadáver del papa se ha hinchado y cambiado de color en poco tiempo. Muchos de los contemporáneos pensaban que el papa murió a causa de un envenenamiento que tuvo lugar casi una semana antes durante un banquete. Este banquete se celebró con motivo del aniversario de su elección en la residencia del cardenal Adriano da Corneto. Con relación al envenenamiento se dice que el papa y su hijo César querían asesinar a otra persona pero alguien confundió las bebidas y finalmente fueron víctimas del propio envenenamiento. Pese al hecho que los Borgia no tuvieron escrúpulos, se tiene dudas sobre esta versión del envenenamiento.

El papa tuvo diferentes signos de enfermedad. Vomitar y fiebre fueron unos de los síntomas. A diferencia de Alejandro, César sobrevivió la enfermedad.

Otros historiadores dudan de esto y hablan del calor enorme que existía este verano en Italia y que llevó consigo muchos casos de malaria. La malaria causaba grandes estragos en la población. Por este razón se piensa que Alejandro VI. murió de malaria, pero no se sabe fijamente la causa de su fallecimiento.