Su carrera eclesiástica exitosa y el ascenso rápido dentro de la estructura de la Iglesia tuvo que agradecer principalmente a su tío, Alonso de Borja (futuro papa Calixto III.). Por medio de nepotismo consiguió cargos importantes así como muchos prebendas.

Su tío le destina para una carrera eclesiástica. Ni disposición ni cualificación le interesa a nadie. Se dedicó al estudio de derecho canónico. En el año 1453 empezó sus estudios en la Universidad de Bolonia y los culminó ya 3 años después, cuando su tío Alonso de Borja fue proclamado papa. En el año 1456 fue consagrado cardenal diácono de la San Nicola in Carcere y 2 años después fue cardenal diácono de Santa María en Vía Lata. En 1457 obtuvo y ejerció el cargo del Vicecanciller de Roma. Este cargo y sus numerosas prebendas se hicieron uno de los hombres más ricos de Europa. Finalmente, en 1458 fue designado Obispo de Valencia. Después de 3 años de cargo falleció su tío, el papa Calixto III. En poco tiempo Rodrigo Borgia como Cardenal ya conseguió mucha influencia y tuvo numerosos contactos con soberanos europeos.

Finalmente, después de la muerte de Inocencio III. en 1492 Rodrigo Borgia fue proclamado papa y se llamó Alejandro VI.