Barbarroja fue un pirata inteligente y estratégico hasta incluso para organizar sus naves marítimas.
Los barcos corsarios estaban en poder de un grupo de armadores, que en este caso se trataría de Barbarroja, los cuales se tenían que poner de acuerdo para seleccionar a la tripulación y para elegir la fecha de la expedición. En pocos días o semanas se producía la partida (al parecer siempre comenzaban el viaje de noche) con un objetivo que no se conocía hasta que estuviesen a bordo.
Principalmente los buques utilizados eran las galeotas: galeras más pequeñas y estrechas, con un mejor manejo en al agua e impulsadas como mucho por dieciséis o veinte remos. La ventaja de estos barcos se basaba en que eran mucho más veloces en el mar. Pero en Berbería (en el Argel de Barbarroja) se construían galeotas tan grandes como galeras, siendo igual de ágiles y sirviendo a la vez a las exigencias en guerra del sultán.
Los esclavos eran los que normalmente se encargaban de impulsar las galeotas. Los esclavos habituales de Hayreddín eran cristianos capturados en los saqueos y batallas, pero, si no eran suficientes, se alquilaban a otros mercenarios o incluso se les pagaba a los musulmanes para que remaran (como vemos, los cristianos eran obligados a remar y a los musulmanes se les pagaba por ello).
Los enemigos cristianos poseían barcos comerciales, en los que había gran cantidad de mercancías, hombres, recursos para alimentar a la tripulación, etc., por lo que las naves eran pesadas, inestables y bastante lentas. Los barcos turcos, por el contrario, se dedicaban únicamente a la piratería: cargaban con pocos hombres y con pocas provisiones, así que eran más ligeras y maniobrables. La velocidad era la principal ventaja de las naves de Barbarroja, que, para ello, se vaciaban de todo, incluso el casco se limpiaba minuciosamente para eliminar carga.
En un primer momento los hombres de Barbarroja eran piratas, ladrones y delincuentes (como Sinán el Judío o Haradín Cachidiablo), militares reclutados entre renegados sin ningún tipo de experiencia marítima. Cuando Hayreddín fue nombrado almirante jefe por Solimán I el Magnífico, el sultán sustituyó a aquellos hombres inexpertos por jenízaros, que eran los mejores militares del ejército otomano. Barbarroja pasa a poseer una flota profesional compuesta por marineros y soldados entrenados.
Las incursiones de Barbarroja y sus hombres por todas las costas del mar Mediterráneo, sobre todo por las costas del Levante peninsular, provocaban el pánico entre las gentes cristianas. Estas personas llegaban a abandonar sus hogares, lo que se tradujo en el despoblamiento de las costas y en su intento de protección. En cuando a esto tenemos constancia de torres de vigilancia en gran cantidad de lugares costeros levantinos, pues los españoles intentaban por todos los medios frenar los avances berberiscos.
