En 1545 Hayreddín Barbarroja se retiró definitivamente a Estambul para descansar y disfrutar de su fortuna después de alrededor de 30 años de piratería y vida en la mar.
Mandó construir un palacio en el barrio Büyükdere, situado al noroeste de las costas del estrecho del Bósforo. Algunas fuentes dicen que en realidad no se había retirado, sino que estaba planificando la creación de una nueva armada.
Parece ser que, inseguro ante la posibilidad de dejar su gobierno de Argel y que las flotas españolas intentasen de nuevo conquistar la república, nombró a su único hijo Hasan (o Asan-Aga) gobernador, tanto de Argel como de los territorios del norte de África. Otras fuentes explican que Hasan no era su hijo, sino el capitán mayor de los jenízaros.
Dictó sus memorias a Muradi Sinan Reis. Se trata de 5 volúmenes conocidos como Gazavat Hayreddin Pasa (Memories of Jeireddín Pasha).
Barbarroja murió en 1546. Y no murió como un gran héroe en combate como su hermano Aruj, sino en la cama como un anciano de 71 años. La causa de la muerte fueron, literalmente, “unas recias calenturas”; según algunas fuentes, fueron calenturas provocadas por las exigencias amorosas de su última y joven esposa.
Hayreddín fue enterrado y sigue enterrado en el llamado Mausoleo Verde (Yesil Turbe) cerca del puerto del distrito de Besiktas, en la zona europea de Estambul, lugar donde solía reunirse con su flota. El mausoleo fue construido en 1541 por el famoso arquitecto Sinan.
Las leyendas sobre Barbarroja continuaron a pesar de su muerte, llegando incluso a nuestros días. Los turcos contaban que su cuerpo fue hallado varias veces fuera de su sepultura, hasta que un hechicero griego lo enterró junto a un perro muerto. Años después, los otomanos, antes de entrar en combate, iban a su tumba y le rendían homenaje. En el epitafio de su tumba estaba escrita la frase: “Esta es la tumba del guerrero de la fe, el almirante Hayreddin Bajá, conquistador de Argel y Túnez. Dios (Alá) lo tenga en su misericordia”.
En 1944 se construyó junto al mausoleo un monumento en su honor.
Conviene recordar que Barbarroja realizó hazañas importantes, como el hecho de que creó las bases del estado corsario de Argel, que duraría hasta 1830, año en que Francia conquistó el territorio.
Carlos I de España podía considerarse aliviado por la muerte de Barbarroja, pues le dio muchos quebraderos de cabeza, pero esto no fue exactamente así. El protegido de Barbarroja, el pirata Dragut (o Turgut Reis en turco), se convirtió desde entonces en la mayor amenaza para las costas cristianas mediterráneas.
