Por un lado, de acuerdo con los holandeses, el primero en inventar el microscopio compuesto (es decir, con dos lentes) fueron Zacharias Janssen y su padre, Hans, aunque la fecha no está muy clara: se dice que se fabricó entre 1590 (cuando Zacarías sólo tenía dos años) y 1608. Consistía en un tubo de unos 25 cm de largo y 5 cm de diámetro, con una lente convexa en cada uno de sus extremos, llegando a 9x de magnificación. Aunque Zacarías Hanssen fue el primero en fabricarlo, algunos piensan que la idea original era de Hans Lippershey.
Por otro lado, de acuerdo con los italianos, el autor del primer microscopio compuesto fue Galileo Galilei en 1609: un tubo de unos 20 cm de largo con dos lentes, una cóncava y otra convexa. Giovanni Faber adoptado el término ”microscopio” para describir la invención de Galileo en 1625. La palabra proviene de las palabras griegas: ”micra”, lo que significa ”pequeño”, y “skopein”, que significa “mirar”.
Sin embargo las primeras publicaciones importantes en el campo de la microscopia aparecen en 1660 y 1665 cuando Malpighi prueba la teoría de Harvey sobre la circulación sanguínea al observar al microscopio los capilares sanguíneos y Hooke publica su obra Micrographia.
A mediados del siglo XVII un comerciante holandés, Leenwenhoek, utilizando microscopios simples de fabricación propia describió por primera vez protozoos, bacterias, espermatozoides y glóbulos rojos.
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