La ciudad de Nankín fue la siguiente morada del jesuita de Macerata. Frecuentemente era invitado a enormes banquetes donde se discutía acerca de cuestiones religiosas y científicas. Todos sus esfuerzos diplomáticos se centraban entonces en conseguir una audiencia con el emperador, lo que finalmente logró gracias a las numerosas e influyentes amistades de que se había ido rodeando. Wan-li le recibió el 24 de junio de 1601 en la Ciudad Prohibida. El hijo del cielo halló gran satisfacción en los regalos ofrecidos por Ricci, maravillado especialmente por los relojes, astrolabios y algunos instrumentos musicales, como el clavicordio, Lacouture opina que sólo el espíritu curioso de Wan-li le llevó a mostrar algún interés por Matteo Ricci y sus compañeros.
En Pekín Ricci cosechó abundantes éxitos personales; sus publicaciones habían sido leídas por miembros de las clases más elevadas de todo el país, los cuales iban a menudo a visitarle a la capital. Los misioneros jesuitas allí establecidos eran recibidos ocasionalmente por el emperador. Cuando en 1610 falleció Ricci, Wan-li concedió a sus hermanos de regla un territorio en las afueras de la ciudad donde le enterraron al año siguiente. La Compañía de Jesús defendió desde el principio el necesidad de ser flexible en la evangelización de las naciones de Asia oriental. En el caso de China, esto era especialmente necesario. Una serie de factores motivaron la asunción de una política de acomodación que habría de conducir al enriquecimiento mutuo de ambas culturas. En primer lugar, el carácter de los habitantes del Imperio del Medio no dejaba demasiadas opciones: sinocéntricos, convencidos de su superioridad respecto al resto del mundo (ellos vivían en el Imperio situado en el centro de la Tierra), y xenófobos. No creían posible que un extranjero, un “bárbaro”, puediera tener algo interesante o novedoso que enseñarles. Sofisticados y muy inteligentes, los chinos no parecía que fueran a ser tan sumisos y crédulos como los filipinos o los indígenas americanos. Para poder entrar siquiera en territorio chino, los jesuitas hubieron de penetrar en sus crencias religiosas, además de aprender a hacer el “kowtow”, la habitual genuflexión china.
La admiración que los discípulos de San Ignacio experimentaron por la cultura y pensamiento chinos fue otro factor que favoreció la asimilación de muchos de sus elementos. Por otro lado, se trataba de una cultura milenaria profundamente arraigada, por lo que no sería posible neutralizar o minimizar su relevancia.
Dadas las particulares caracerísticas que iba adquiriendo la empresa china, Ricci consideró preciso desarrollar una metodología misionera de aculturación. No obstante, Alessandro Valignano ya había pensado en ello, y unos pocos años antes de la entrada de Ricci en el Imperio, el Visitador se había dirigido así a los misioneros de China y Japón: “no intentéis de ninguna manera convencer a estas gentes para que cambien sus costumbres, hábitos y comportamientos, mientras no sean abiertamente contrarios a la religión y moral. ¿Qué podría ser más absurdo que trasladar Francia, Italia, u otro país europeo, a los chinos? No les traigáis de ningún pueblo, mientras no sean perversas; más bien al contrario,[la fe] deseaba que éstas sean conservadas íntegramente”. Puede decirse que Valignano modeló la estructura de la política misionera de las Indias Orientales, mientras que Ricci la dotó de contenido.
El jesuita estudió en profundidad la literatura y pensamiento chinos. Criticó a los neoconfucianistas haber tergiversado los escritos del filósofo, por lo que sólo confiaba en el confucianismo original y puro de los textos clásicos. En ellos cifraba sus esperanzas de encontrar lo que buscaba con afán: la evidencia de que los chinos habían conocido, al menos en los albores de su civilización, un monoteísmo que guardaría muchas semejanzas con el judaísmo. La tesis de Ricci era que el budismo y el taoísmo, con sus teorías nihilistas del “karma”, habían corrompido el confucionismo.
Este religioso desarrolló un peculiar método de adaptación cultural: quiso presentar a los chinos no una religión local de Occidente, sino una religión univeral con un mensaje común a toda la humanidad. Se trataba de purificar el cristianismo de los elementos no cristianos de la civilización occidental, representándolo como un sistema ético sociall y de moral individual bastante acorde con la doctrina de Confucio. Ricci confiaba en que el cristianismo podría completar y perfeccionar al primigenio confucianismo, despojándole de las corrupciones introducidas. Su ambición era retaurar ese prístino monoteísmo de cuya existencia, hacía dos mil año, estaba seguro.