Martín Lutero fue el primer hombre en rebelarse exitosamente contra la Iglesia Católica y crear, con sus ideas, una Iglesia aparte y distinta de la católica. Lutero dijo en muchas oportunidades que una de sus fuentes de inspiración era la traducción que Erasmo había hecho de la Biblia; esa traducción había llamado de inmediato la atención del gran reformador quien, como ya dijimos, la analizó detalladamente hasta el final de su vida. El amor de Lutero por esta versión desató una catarata de traducciones que por primera vez puso al Nuevo Testamento al alcance de la gente que no sabía leer el idioma latín. En 1522, seis años después de la publicación de Erasmo, Lutero la tradujo por primera vez al alemán. A su vez, la versión alemana de Lutero fue la base de la primera traducción de William Tyndale al inglés en 1526.
Los seguidores de Martín Lutero se desataron furiosamente en toda Europa un año después de la publicación del Nuevo Testamento latino de Erasmo de Róterdam, lo que puso al traductor en una difícil crisis de exposición pública. Lutero gritó a los cuatro vientos que el trabajo de Erasmo le había ayudado a ver la verdad, por lo que la mirada de la Iglesia comenzó a caer sobre Erasmo, que supuestamente había dado el paso inicial de la Reforma que terminaría por dividir al cristianismo.
Esta situación no fue fácil para Erasmo, siendo como era su carácter y la poca simpatía que sentía por la Iglesia y por el Papa. El conflicto entre la Iglesia y los luteranos se hizo evidente para todo el mundo, y ambos bandos exigieron de inmediato a quienes no habían tomado partido que eligiesen un lado de la polémica.
Esto mismo le sucedió a Erasmo, que para colmo estaba en la cúspide de la fama por sus importantes obras literarias. Lo que ni Lutero ni el Papa comprendían era que, en la mentalidad individualista del sabio, ponerse del lado de católicos o de protestantes le resultaba igualmente repugnante. No estaba dispuesto a colaborar con ninguno de los dos bandos, porque le importaba más su libertad de pensamiento y su independencia individual e intelectual. Sabía, por supuesto, que esa libertad se perdería si se unía a cualquiera de los bandos. Se negó a tomar partido y esa fue una jugada peligrosa.