Como emperador cristiano a Carlos V le preocupó especialmente la amenaza turca. Dicha amenaza se personalizaba en Solimán el Magnífico y el principal escenario de la lucha se centraba en el Mediterráneo. Desde Argel, con el apoyo de Barbarroja, se organizaron ataques sobre el Levante español y sobre otros territorios imperiales. En el norte de África conquistaron Túnez.
Para romper este frente musulmán mediterráneo y poder establecer una base entre Argel y Constantinopla Carlos V decidió tomar Túnez.
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Sabemos que Cobos formó parte de la expedición a Túnez por el testimonio de Joannes Berotius en su obra Commentarium seu potius Diarium, expeditionis tunetanae. Nos cuenta que el 18 de junio de 1535, cuando una nave intentaba entrar en el puerto de la Goleta, fue descubierto por la flota del Emperador, y uno de sus barcos, el “Águila”, le persiguió y expulsó. En este barco iba Cobos. También firmó documentos durante la campaña y despachó a diario con Carlos V y estuvo presente en la firma del tratado que reponía a Muley-Hassan en el trono de Túnez. Más tarde el Emperador le reconoció los servicios prestados en la campaña con riesgo para su vida.
En el invierno de 1537 Cobos fue uno de los protagonistas en las negociaciones de paz impulsadas por el papa Paulo III. Se pretendía conseguir un acuerdo duradero después de años de lucha entre Francia y España. Granvela y Cobos marcharon hacia la frontera franco-española para iniciar las conversaciones. Se alojaron en la fortaleza de Salses que en esos momentos pertenecía a la Corona de Aragón. Los resultados no fueron del todo satisfactorios aunque se consiguió una corta tregua y quedaba abierta la puerta para una futura reunión en Niza.
Llegaron a la ciudad francesa el Papa Paulo III, Francisco I y Carlos V. Entre mayo y junio de 1538 se negoció de nuevo y, otra vez, Cobos estuvo en primera línea. El resultado fue una tregua que debía durar 10 años.