Torres Balbás opina que lo que queda del primitivo puente es musulmán. Construido en los últimos años del siglo X o en el siguiente, antes de la reconquista de Guadalajara.
Gregorio Sánchez Doncel opina que el puente es obra cristiana, del siglo XIII o XIV.
Tuvo nuestro puente, en su mitad, una torre defensiva, levantada muy probablemente en la Edad Media, y que todavía se alzaba en el siglo XVI, como se consigna en la Relación de Felipe II de 1579.
Las Actas Municipales del 26 de febrero de 1583 nos hablan de un acuerdo para reparar, además del arco de la pontezuela, sobre el arroyo del Alamín, arrimado al puente principal, pues se derrengó una cepa de él (la parte del machón que va desde que sale de la tierra hasta la impronta), el arco principal, inmediato a la torre del puente, principal sostén de la misma, donde se habían abajado unas piedras junto a la clave en un buen trecho, peligrando su consistencia. Se encomendó a Rodrigo del Castillo lo hiciese reparar con fondos del arca de bienes comunes, previo informe del maestro de obras municipal, Felipe de Aguilar.
La torre debió desaparecer en la voladura que del puente hicieron los austriacos en su retirada camino de Aragón, poco antes de la derrota que experimentaron en las acciones de Brihuega y Villaviciosa (1710).
En 1740 las autoridades locales informaban al Consejo Real sobre la necesidad de reparar el puente sobre el río <<Nares>>, a la subida de la ciudad. Una riada de los días 4 y 5 de diciembre del año anterior, le había arruinado. Era camino real, frecuente y necesario para galeras, coches, tropas y demás transeuntes. Se cobraba pontazgo, pero no llegaba para dicho reparo.
Para informar se nombró al alarife Marco José Barranco. Dijo que la avenida se había llevado las tres cepas de los más grandes arcos, arrancados de cuajo. Su acondicionamiento costaría 56.640 rs.
Restaurado poco después, sin que se rehiciera la torre, sufrió un nuevo hundimiento en 1757, cortándose el paso, que fue sustituido con carácter provisional por un puente de barcas.
Hay una inscripción en una estela circular o cipo situada a la entrada del puente, en su lado izquierdo según se entra en él con dirección a la estación del FC.
CAROLI III P.F. AUGUSTI PROVIDENTIA
EX-SENATUS CONSULTO HUNC
GUADALAIARAE PONTEM PECUNIA
CONLATA POPULI…………………….TERRANEI
CITRA XL LEUCAS…E……..N………………ENTA
IMPOSUERE VALIDISSIMIS
CONSTEXTA STIPITIBUS
MARCO VIERNA OPUS DUCENTE
M D CC LXXVI
ENSANCHADO EL PUENTE
A DIEZ METROS
EL AÑO 1922
De esta inscripción, de oscura traducción literal, se desprende que el año 1776, reinando Carlos III, por acuerdo del Ayuntamiento de Guadalajara, con la ayuda económica de los pueblos de cuarenta leguas a la redonda, se reconstruyó el puente, dirigiendo las obras el arquitecto Marco Vierna. En 1766 el Consejo Real ordenaba que Marcos de Vierna comenzara el reparo del puente por administración, repartiéndose un millón de reales.
En 1770, llegaba el P. Pontones y no hizo más que confirmar y dar por bueno y más acertado el proyecto de Vierna, aunque resultase más caro. Por órdenes reales de 1773 y 1775 se encomendó y ratificó la obra en Hilario Alfonso de Jorganes y Juan Eusebio de la Viesca, bajo la dirección de Marcos de Vierna. En 1774 se iniciaban las obras. En 1778 todo estaba concluido.
En 1833 el arquitecto José María Guallart proyectaba un reparo.
Aún así y todo, dice Pérez Villamil, en 1856 hubo necesidad de una nueva reparación, que costó 245.549 reales.
Fue alomado hasta el año 1922, en que se le niveló y ensanchó, añadiéndole a ambos lados progresivo material de mampostería. También se le quitó el pretil de piedra para sustituirlo por la actual reja metálica.
Pudiera hacer tenido en otros tiempos un ojo más, que ha quedado enterrado tras el muro que protege la margen izquierda.
<<Dos de los cuatro arcos que hoy tiene, los más próximos a Guadalajara, son obra musulmana, así como el estribo intermedio y parte del siguiente>>. Esta opinión, que nadie ha discutido, ha sido aceptada desde entonces por Azcárate, Abascal Palazón y Layna Serrano.
Fue el mismo Torres Balbás quien propuso y consiguió que este puente fuese declarado monumento arquitectónico-artístico, siendo incluido en el tomo I de los Monumentos Españoles, Madrid, 1932, p. 313, y en el Catálogo de los Monumentos declarados Histórico-Artísticos con el número 414, el primero de la provincia, si bien no consta la fecha de tal declaración, que, sin embargo, figura en todos los demás, lo que nos hace sospechar que sería por las mismas fechas en que lo fueron los torreones del Alamín y de Alvar Fáñez, 23 de mayo de 1921.
Cadiñanos Bardeci, Inocencio: “El puente de Guadalajara: origen, reparos y reconstrucciones”, Wad-Al-Hayara, Revista de Estudios de la Institución Provincial de Cultura <<Marqués de Santillana>>.
Sánchez Doncel, Gregorio: “El puente de Guadalajara sobre el Henares”, Wad-Al-Hayara, Revista de Estudios de la Institución Provincial de Cultura <<Marqués de Santillana>>, Núm. 11, pgs. 227-238, 1984.
Puente árabe sobre el río Henares. (Guadalajara, Guadalajara). Tomás Camarillo. Fuente: CEFIHGU.
Puente árabe sobre el río Henares. (Guadalajara, Guadalajara). 21 de julio de 2012, Cristina Gonzalo Herreros.