Como dijimos en una de las entradas anteriores, el fundador confío el plano y trazado del edificio al arquitecto tortosino Juan Inglés, el cual llegó a Orihuela con Loazes en 1553 para encargarse de la dirección de las obras y trabajos de la Universidad, donde permaneció hasta su muerte (en un momento dado deja de aparecer en los documentos de cuentas del convento en torno a 1593). Mientras el obispo Loazes vivió las obras funcionaron a buen ritmo, incluso en el momento de su muerte se hallaba ya habilitado el Colegio albergando hasta sesenta frailes, aunque no para poder impartir estudios.
El 26 de mayo de 1570 comenzó a desempeñar el cargo de Rector el sobrino de Fernando Loazes, Fr. Juan de Loazes. Este ilustre religioso compartió con su tío la dedicación y el entusiasmo por aquella noble obra que era la creación del Colegio. A la muerte del fundador, él quedó como la “reencarnación” de su espíritu, dando muestras continuas de actividad y talento para continuar la obra de su tío.
Sin embargo, la comunidad continuaba creciendo y resultaba difícil de mantener a sesenta frailes, que consumían casi por completo las rentas del Colegio, que era el único presupuesto destinado por Loazes para proseguir las obras, esto hizo que decayesen mucho las obras estando a punto de quedar paradas. Ante esto el señor Rector aprovechó la venida a España del Cardenal Alejandrino, protector del colegio, para entrevistarse con este y exponerle la situación. Con esto se consiguió la reducción del número de frailes hasta aquel que el Rector decidiese adecuado. En 1587 se produjo la visita del General de la Orden Fr. Sixto Ferrer, el cual pudo observar como el edificio era apto y cómodo para la implantación de los estudios.
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