Juan de Herrera nació en el barrio de Movellán en el concejo de Roiz, y murió en Madrid en enero de 1597.
Estudió Humanidades y Filosofía en Valladolid, y en 1548 viajó a Barcelona para unirse a la comitiva que acompañaba al por entonces príncipe Don Felipe en su viaje por Italia y Alemania, donde entra en contacto con las corrientes renacentistas del momento.
En 1553 participa en la campaña de Flandes como soldado a las ordenes del Emperador, al cual acompaña a su retiro a Yuste en 1556, a la muerte de este en 1558 pasa a las ordenes de Felipe II, y se encarga de la enseñanza del príncipe Carlos de Austria, durante este periodo se encarga de copiar el Libro del saber de astronomía.
En 1563 se entra a trabajar bajo la dirección de Juan Bautista de Toledo en las obras del Monasterio de El Escorial, del cual asume el mando en 1572 finalizándolo en 1584.
Cuando en 1579 es nombrado Inspector de Monumentos de la Corona, expande su estilo arquitectónico por toda España, es lo que se conoce como arquitectura herreriana.
La arquitectura herreriana se caracteriza por su rigor geométrico, la relación matemática entre los distintos elementos arquitectónicos, los volúmenes limpios, el predominio del muro sobre el vano y por la ausencia casi total de decoración.
Los edificios herrerianos destacan por su severa horizontalidad, lograda gracias al equilibrio de las formas, preferentemente cúbicas, que se disponen simétricamente en la estructura. Por lo general, presentan cubiertas de madera revestidas al exterior de pizarra y torres laterales, rematadas en chapiteles piramidales terminados en punta, que introducen un elemento de verticalidad, al tiempo que contribuyen a reforzar la sensación de simetría.
Posteriormente en 1583 fundará la Academia de Matemáticas y Delineación, convirtiéndose a su vez en su primer director.
Por lo que a su obra se refiere, en 1561 comienza las obras del Palacio Real de Aranjuez, y en 1563 se pone a las órdenes de Juan Bautista de Toledo en El Escorial.
Se pondrá al frente del proyecto cuando Bautista muera en 1567. Entonces cambiará los planos, lo amplia y cambia la ornamentación del interior de la iglesia y la fachada, de esta manera hace un edificio con aspecto austero basado en la horizontalidad, la uniformidad compositiva y una sobria decoración. Destaca la planta rectangular con sus cuatro torres en las esquinas, típica de los sobrios alcázares castellanos de piedra, la arquitectura clásica italiana en la basílica y las portadas, y los típicos tejados apizarrados flamencos.
El edificio destaca por la potencia de su imagen, la sabia composición de su complejo programa funcional, el rigor arquitectónico de cada una de sus partes, la elegancia de la articulación arquitectónica entre las distintas piezas, la cuidada perfección de sus proporciones y sus ricos valores simbólicos.
Además al mismo tiempo que dirige las obras del Monasterio de El Escorial realiza otras obras como la fachada sur del Alcázar de Toledo y la Lonja de Sevilla.
También inicio proyectos que no pudo acabar como la Catedral de Nuestra Señora de la Asunción de Valladolid
También realizó otras obras de menor envergadura como:
Palacio de el Queixigal, edificio desaparecido, construido en Robledo de Chavela
Edificio de la Casa Consistorial de Toledo
Puente de Segovia-Madrid
Reconstrucción y reconversión en palacio del Castillo de Villaviciosa de Ondón
Real Aposento de Torrelodones, edificio desaparecido en la actualidad.