Los Habsburgo ascendieron al trono portugués en la crisis de sucesión portuguesa de 1580 que se inició a raíz de la muerte sin descendientes del rey Sebastián I de Portugal en la batalla de Alcazarquivir y de su sucesor y tío abuelo Enrique I de Portugal, el final de la línea directa de Juan III de Portugal arrojaba tres posibles opciones sucesorias, Catalina de Portugal, nieta de Manuel I de Portugal, casada con Juan I, Duque de Braganza, Antonio, prior de Crato, nieto de Manuel I, pero considerado ilegítimo por la sociedad.,Felipe de Habsburgo, rey de España, también nieto de Manuel I por línea femenina, y Felipe II de España terminó siendo reconocido como rey de Portugal en las Cortes de Tomar de 1581 , y mientras tanto, la idea de perder la independencia dio lugar a una revolución liderada por el Prior de Crato que llegó a proclamarse rey en 1580 y gobernó hasta 1583 en la isla Terceira de las Azores, y finalmente el Prior de Crato terminaría derrotado debido principalmente al apoyo a Felipe , la burguesía y la nobleza tradicional.
Para conseguir tales apoyos, Felipe se comprometió a mantener y respetar los fueros, costumbres y privilegios de los portugueses. Lo mismo sucedería con los que ocuparan los cargos de la administración central y local, así como con los efectivos de las guarniciones y de las flotas de Guinea y de la India. En las Cortes estuvieron presentes todos los procuradores de las villas y ciudades portuguesas, a excepción de las de los de las Azores, fieles al rival pretendiente al trono derrotado por Felipe II, el Prior de Crato.Este fue el principio de la unión reaL que, sin grandes alteraciones, dominaría hasta cerca de 1640 a pesar de las intervenciones inglesas en las Azores en 1589. La diferencia básica entre la unión personal y real, es que la primera es casual y no crea ningún vínculo jurídico entre los territorios de la unión, mientras que en la unión real se produce una uniformación de su política exterior, como fue el caso de Portugal. Así, la unión de Portugal y Castilla daría lugar a un conglomerado territorial que incluía posesiones en todo el mundo: México, Cuba, América Central, Sudamérica, Filipinas, como núcleos costeros en Berbería, Guinea, Angola, Mozambique, Golfo Pérsico, India.[kml_flashembed movie="http://www.youtube.com/v/VnKKSkaB9y0" width="425" height="350" wmode="transparent" /]