La historiografía portuguesa conoce también este periodo como Dinastía Filipina o Tercera Dinastía. Durante su existencia, la extensión del bloque territorial ibérico llegó a convertirse en el imperio más dilatado de su tiempo debido a que gobernó sobre un gran número de territorios coloniales que abarcaban desde Las Indias de América hasta el Extremo Oriente de Asia, incluyendo factorias en África y la India. La integración de Portugal en España se produjo en la concepción que de España se tenía en los siglos XVI-XVII. En esa época, España era una monarquía compuesta, denominada como Monarquía Hispánica, en cuyo entramado institucional se incorporó Portugal, formando parte junto con los demás reinos que componíanla Monarquía española.
La Monarquía , era el conjunto de territorios con sus propias estructuras institucionales y ordenamientos jurídicos, diferentes y particulares, unidos según el principio que se hallaban gobernados por igual por el mismo soberano,7 el monarca español, a través de un sistema polisinodial deConsejos.
El soberano español actuaba como rey según la constitución política de cada reino, y por tanto, su poder variaba de un territorio a otro, pero actuaba como monarca de forma unitaria sobre todos sus territorios.8 El respeto de las jurisdicciones territoriales no impidió un refuerzo de la autoridad y poder regio del monarca en cada reino en particular.9
A pesar del respeto y autonomía jurisdiccional, existía una política o directriz común que había que obedecerse encarnada por la diplomacia y la defensa,y en la que la Corona de Castilla ocupaba la posición central y preeminente sobre los demás.
La Monarquíaincluía las coronas de Castilla (con Navarra y los territorios de Ultramar) y Aragón (con Sicilia, Nápoles, Cerdeña y el Estado de los Presidios), Portugal entre 1580 y 1640, los territorios del Círculo de Borgoña excepto 1598-1621 (Franco condado, Países Bajos, más aparte Charolais), el ducado de Milán y el marquesado de Finale.
De este modo, el rey de Portugal era el monarca español, y Portugal no formó un reino (con su imperio) aparte respecto a España, sino que se integró en la estructura política y organizativa dela Monarquíaespañola, conservando su administración particular como los restantes reinos dela Monarquía. Asíno fue, por tanto, propiamente dicho un imperio hispano-portugués, ya que no existía una administración portuguesa opuesta a otra española, sino que la administración portuguesa era tan particular como podía tener otro reino de los que se constituía España .