Las expediciones anteriores no habían logrado realizar la ruta de vuelta por el Gran Golfo, que era como se llamaba entonces al Pacifico hasta México. Felipe II determinó que había que explorar la ruta desde México a las islas Molucas y encargó la expedición de dos naves a Luis de Velasco, segundo Virrey de Nueva España, y al fraile agustino Andres de Urdaneta, que era familiar de López de Legazpi, que ya había viajado por esos mares. Las Filipinas, que habían sido descubiertas en el viaje que realizo Magallanes, caían dentro de la demarcación portuguesa según el Tratado de Tordesillas de 1494, pero aun así Felipe II quería rescatar a los supervivientes de la expedición anterior de Villalobos (1542–1544), que fue quien bautizó al archipiélago con el nombre de Filipinas en honor al Rey Felipe II.
López de Legazpi fue administrador colonial español de las Islas Filipinas y fundador de la ciudad de Manila.
En 1565 fundó los primeros asentamientos europeos en terreno filipino en la actual Cebù. En 1571, después de tratar con las familias reales nativas durante la conspiración de Tondo y tras derrotar a la tripulación del pirata chino Limahong, los españoles establecieron en Manila la capital de las Indias Orientales Españolas.
