La Inquisición fue dedicada a la eliminación de judíos y musulmanes y a la persecución de los protestantes y es lo que será mas criticado en la Leyenda Negra. Hay dos orígenes de la Inquisición española de la Leyenda Negra; un origen católico en Italia y un origen protestante en Europa central y septentrional. La Inquisición Española quería evitar cualquier contagio de las ideas luteranas o calvinistas, por la defensa de la ortodoxia de la fe. El protestantismo fue aumentando en Alemania, Inglaterra, Francia y Ginebra, y España quería reforzar las defensas religiosas. Querían condenar a muerte a los herejes. Entonces, en la Inquisición había acusados, muertes y torturados.
