Las pagas no siempre se distribuían con puntualidad en los Tercios. La periodicidad dependía de la solvencia del Tesoro militar. El sistema de crédito y transferencia de caudales que la corona utilizaba para mantener sus ejércitos resultaba vulnerable y su capacidad no era ilimitada. Cuando la llegada de las floas de plaa de las Indias se retrasaba, los banqueros reales podían detener el pago de las letras de cambio que nutrían las tesorerías militares eran incapaces de financiar operaciones defensivas u ofensivas imprevistas. Y también los gastos ordinarios, determinados en gran medida por el número de soldados en nómina, solían descuidarse cuando la corona se veía obligada a priorizar unos frentes en detrmiento de otros. En algunos, las tropas podían pasar muchos meses sin recibir sus pagas.
Los soldados profesionales que formaban los Tercios no se quedaban indiferentes. Solían actuar de dos maneras: se amotinaban, acaudillados por sus oficiales, para reclamar los atrasos, o se aprovechaban de la población civil con la complicidad de sus superiores para asegurarse el sustento mediante el pillaje y el botín obtenido en el saqueo de ciudades, villas y campañas. Los motines fueron habituales en el Ejército de Flandes entre 1570 y 1607, y los llamados desórdenes militares persistieron en los Países Bajos durante todo el siglo XVII. El episodio más cruento fue el Saco de Amberes de 1576, un brutal saqueo protagonizado por las tropas de infantería española mal remuneradas que influyó en la formación de la leyenda negra de los españoles en Flandes.
Saqueo de una aldea en Flandes. Pintura de Sebastiaan Vrancx (slgo XVIII)