Hay que mencionar que en la Corona de Aragón en el año 1232, se estableció la Inquisición Medieval o Pontificia. A través de comisiones papales creadas dentro del contexto de la lucha contra el catarismo. Extendido por el Languedoc, una parte del cual estaba bajo dominio del rey de Aragón, también marqués de Provenza.
Había tribunales establecidos en Valencia y Baleares, que actuaron con cierta lenidad, pasando muchas veces desapercibida.
Cabe destacar la figura de Nicolás Eymeric, autor de la célebre obra, el Directorio de los Inquisidores, recopilando textos de derecho romano y canónico, ofreciendo sobre todo una guía práctica para los inquisidores a la hora de proceder y la pena que en cada caso debían ser impuestas.
Pasado el auge de la herejía cátara, la Inquisición papal de Aragón cayó en una inactividad casi completa. En Castilla nunca se llegó a introducir esta Inquisición Medieval o Pontificia. Los procesos de Herejía en Castilla eran tratados por los Obispados a través de la denominada Inquisición Episcopal. Aunque los Obispados no concedían mayor importancia a los delitos de fe.