El cardenal Cisneros (sucesor de Arnando de Talavera) era partidario de llevar una línea dura con los moriscos y pide la conversión de todos, o la emigración. En 1499, sin contar con el respaldo de los reyes (aunque tampoco con su reprobación), se inicia una campaña de reconversión. Llama a los alfaquíes (los jefes religiosos musulmanes), les regala cosas, conversa con ellos y les promete que si aceptan la reconversión seguirán manteniendo la autoridad en el reino de Granada y serán bien mirados, de lo contrario irán a prisión y se procederá a la confiscación de sus bienes. Cisneros pensaba que convirtiendo a los líderes, el pueblo les seguiría. Esta política de Cisneros no fracasó, ya que muchos líderes se convirtieron, hubo bautizos masivos, quema de libros islámicos en las plazas de las ciudades, mezquitas convertidas en iglesias…
En 1499, en otros sectores de la población islámica cundió el descontento y el malestar. Acabando ese año, agentes del cardenal Cisneros entran en el barrio del Albaicín a prender a los delincuentes. En el barrio se tomó como algo religioso, se protege a los delincuentes y se mata a un alguacil. Debido al temor contra las represalias, el barrio de armó y sitió el palacio donde vivía el cardenal. Ya en Enero del año 1500 estalla la revuelta en la Alpujarra, al oírse un rumor que decía que los musulmanes eran bautizados a la fuerza.
La reina lanza entonces un mensaje claro a los moros: no consentiría que fueran convertidos a la fuerza ya que era partidaria de que sus súbditos siguiesen siendo musulmanes. Pero el mensaje llegó tarde, cuando el conflicto ya estaba generalizado. Era necesario poner orden.
El rey, que estaba en Sevilla, reclutó tropas y marcha a Granada al frente del ejército y milicias voluntarias. En Febrero tiene lugar una guerra abierta en la Alpujarra que dura un mes. La represión de los rebeldes fue muy dura. Los Reyes Católicos les obligan a devolver lo robado y a pagar altísimas indemnizaciones de guerra. Excluían del pago a aquellos que se convirtieron. Fueron muchos los que entonces decidieron convertirse.