Pero la revuelta volvió a prender en la Alpujarra a finales del año 1500 y a principios de 1501. Luchas musulmanes contra cristianos en campañas militares de gran dureza, con una posterior represión muy cruda ya que se les dice que de no ser convertidos, serán expulsados.
Los musulmanes pedirán entonces una serie de condiciones a los reyes como la de dejar marchar a aquellos que querían seguir con su fe al norte de África. Los reyes aceptan, pero los que se quedan deben abrazar el cristianismo. En este momento acaba el problema islámico en Granada. Estos nuevos convertidos pasan a ser denominados, al menos de manera jurídica, moriscos.
Tras el episodio de Granada, el Papa (que está muy agradecido a los reyes por conseguir gran cantidad de almas para la Iglesia) concede una bula a los Reyes Católicos que les permite quedarse con el diezmo que los cristianos viejos deben pagar a la iglesia, para que con él construyan nuevas iglesias y paguen las campañas de evangelización. Los bienes del clero musulmán pasaron también a manos de los reyes con los mismos fines.
Así, la postura del Cardenal Cisneros se había impuesto. En 1502 se firma el Real Decreto que pone fin al problema musulmán en la Corona de Castilla. En esa fecha, los que no se hayan convertido serán expulsados de España.