Cuando los reyes cristianos realizaron la reconquista de este territorio se decidió mantener allí a la población musulmana debido al escaso contingente de población cristiana que existía. Se les dejó como vasallos sometidos a la autoridad de los cristianos viejos que llevaron a cabo la conquista, repartiéndose las tierras con sus vasallos.
En muchos casos, los cristianos viejos ocupaban tierras y desplazaban a los musulmanes, pero estos son una mano de obra barata que les produce la riqueza, siendo sus siervos y manteniéndolos dentro del reino. Por ello, los nobles aragoneses hicieron jurar al rey Fernando que no los convertiría de manera forzosa.
Centrándonos en en Reino de Valencia, los mudéjares ocupaban un arco noroccidental del reino de Valencia y en las zonas montañosas, no había mudéjares en la costa. También se sitúan en pequeños pueblos que están alrededor de una población cristiana, alrededor del propietario de esa zona. También los encontramos en ciudades o barrios separados de la oblación cristiana llamados aljamas, como ocurría en Elche, por ejemplo.
Los encontramos casi siempre en tierras de secano, y raro es el mudéjar en tierras de regadío. Se encuentran siempre en tierras de señoríos laicos, nunca en tierra de la Iglesia y es muy raro encontrarlos en tierras pertenecientes al rey.
Su actividad principal es la agricultura, es muy raro encontrarlos en otros oficios. Trabajan en calidad de vasallos de los señores. Comparten la propiedad de la tierra con los señores con un tipo de tenencia rústica conocida como enfiteusis propiedad compartida entre el señor y el vasallo), sistema mediante el cual el mudéjar poseía el dominio útil de la tierra, sacando provecho de esa propiedad, a cambio de pagar una retribución anual conocida como canon, en metálico. El señor poseía por este sistema el dominio directo, el derecho inmemorial de posesión primitiva de la tierra. Por este sistema, el señor no podía desposeer al vasallo del dominio útil a no se que no trabajase la propiedad o cometiese faltas graves. El mudéjar podía incluso ceder la propiedad a sus sucesores, siempre que al cederla pagase la cantidad de dinero, llamada luismo, incluso podía ser traspasada a otro mudéjar, siempre que pagase el mismo impuesto.
El señor poseía, además, la jurisdicción del territorio, es decir, podía juzgar y gobernar a sus súbditos por delegación expresa de la monarquía. Este ejercicio era una fuente de ingresos importante para el señor: cobro de multas, imposiciones y también poseer los derechos de regalía que son ciertos monopolios delegados por la corona sobre la producción de esos monopolios (monopolios sobre el molino, la almazara, la bodega…). También poseían derechos anteriores que recordaban a época feudal y muchos mudéjares tenían que prestar al señor servicios gratuitos o corveas como recoger la cosecha. En mudéjar tenía que pagar, además, el impuesto de las aldehalas. Pero como son rentas fijas, el señor no puede subir el canon anual.
Se sabe que los moriscos de Elche, además de a la agricultura, también se dedicaban a la artesanía; en Crevillente también al comercio al por menos; en Monóvar o Novelda se enriquecieron y prestaban dinero al señor y a los cristianos viejos. También se vieron médicos, abogados… ejerciendo sólo en la comunidad mudéjar.
Los señores no tenían interés en que esta situación cambiara. Los señores valencianos, al ver lo que pasó en Granada con las conversiones forzosas y sus consecuencias, mandaron una embajada al rey Fernando comunicándole que mantendrían la identidad religiosa y cultural de sus vasallos mudéjares.
El problema morisco en la Corona de Aragón se produjo entre 1519 y 1521, como consecuencia de la revuelta de las germanías y lo que supusieron.