Desde 1592 su salud se había deteriorado irremediablemente. La gota le hacía  sufrir tanto que ni siquiera podía permanecer en la cama sin padecer las dolores. Tampoco podía quedarse sentado, y fue entonces cuando su ayuda de cámara, Jean L’Hermite, ideó un ingenio consistente en una silla articulada que permitía al monarca cambiar de postura. Poco a poco, llegó a perder la movilidad de la mano derecha sin poder firmar los documentos.

Siendo consciente del poco tiempo que le quedaba el rey decidió instalarse en el Escorial para los últimos momentos de su vida.

El 30 de junio de 1598 partió de Madrid para nunca regresar.  Comulgó por última vez el 8 de septiembre, ya que los médicos se lo prohibieron a partir de ese momento por miedo a ahogarse al tragar la hostia.

El domingo 13 de septiembre de 1598  , a las cinco de la madrugada, Felipe II falleció en El Escorial . Tenía 71 años y su agonía duró 53 días, en los que sufrió todo tipo de enfermedades: gota, artrosis, fiebres tercianas, accesos e hidropesía.