A comienzos del siglo XVI, Egipto sufrió una decadencia económica y política como consecuencia de que los portugueses intervinieron en el comercio de Oriente dejando de lado a Egipto que hasta esos momentos había servido como intermediario.
En el año 1517 el territorio egipcio fue conquistado por Selim I bajo el mando de un gobernador turco aunque los beys mamelucos continuaron teniendo control por medio de una oligarquía terrateniente. Los mamelucos de origen en su mayoría turca habían defendido el Islam e instalados en el Cairo, formados militarmente, consiguieron tomar el control del gobierno en el año 1250. Pero, la situación cambió con la ocupación de la ya mencionada ocupación de los turcos otomanos.
Con el gobierno otomano, Egipto quedó en una posición marginal.
Los otomanos una vez conseguido el éxito asaltaron la ciudad de Egipto y se pasaron tres días saqueando el Cairo. Toda la población bajo el dominio del ejército invasor, comprobaron con sus propios ojos como les confiscaban todos sus bienes.
En las Mezquitas que los rezos de los viernes habían sido dirigidos hacia el sultán mameluco, pasaron a ser dirigidas al Selim, de esta forma era reconocida la soberanía del nuevo señor.
Tanto los otomanos como los mamelucos, eran muy similares en muchos sentidos ya que las élites de ambos imperios se habían creado a partir de grupos de esclavos cristianos. Los dos imperios se basaban en una forma de organización de estados burocráticos que respetaban sobre todo las leyes religiosas, base de su política y protegían todos los dominios islámicos, tanto los lugares sagrados como los peregrinos. Para la protección del Islam ante las amenazas extranjeras, utilizaban un importante ejército.
En este periodo, en que el concepto nacionalista no se había creado todavía, la identidad de la sociedad se hallaba unida con la propia tribu, donde la religión era la base de su organización más que sus características étnicas.
El paso del control mameluco a otomano fue sobre todo a partir de principios pragmáticos, ya que les preocupaba más las cuestiones relacionadas con el orden. El elemento también significativo para el cambio era la búsqueda de unas cargas impositivas que pudieran ser más asequibles para la población, hechos que les preocupan más para ellos, que el cambio gubernamental en manos de los otomanos.
Todo el reinado tenía la finalidad de establecer sobre todo la seguridad y el dominio, deseo que si que se cumplió. De hecho, los hombres fueran libres o esclavos les obedecían, pues toda la organización se basaba en defender la religión y hacer frente a los infieles. Controlaron todas las zonas que en esos momentos estaban deshabitadas, dedicándose a las cuestiones dedicadas a mantener su territorio y sus fronteras.
El Imperio Otomano creó un enorme mercado unificado que permitió que el gremio artesanal acrecentara su producción, factor que ayudó al desarrollo del comercio que creció y las especias nunca dejaron de llegar al Cairo.
Egipto, pasó a ser una provincia del Imperio Otomano el cual se regía por una burocracia formada por diferentes regiones que mantenían un mismo sistema administrativo y fiscal donde las provincias árabes determinaban un papel muy importante.
La ocupación de Egipto por el Imperio tuvo unas consecuencias positivas, pues Egipto se consideraba una provincia importante, sobre todo porque estaba asentada en lugar estratégico unido a favorables condiciones financieras y religiosas. Uno de los elementos que contribuía a ser un territorio benévolo, era gracias a la recaudación de impuestos obtenidos al controlar el comercio del mar Rojo. Además, desde el punto de vista religioso, era un centro religioso que instruía las enseñanzas del Islam y era allí, donde se organizaban las peregrinaciones a la Meca.
La ideología otomana fue hereditaria del pensamiento del siglo XI del pensamiento tribal donde la supervivencia del grupo era el fin predestinado y el poder del soberano era el bien común dentro de la sociedad. El poder político estaba siempre unido a la religión y aunque se mantuvieran cargos como jueces y jurisconsultos, era el sultán el que participaba y dirigía las normas legislativas.
Los otomanos tenían una estructura interna basada en la función de la guerra y muchos de ellos se veían obligados a prestar servicio militar.
Dentro del ejército, cuando ocupaban territorio podían conseguir tierras de las zonas conquistadas. Por otra parte, cuando ocuparon las zonas egipcias, la población sometida estaba obligada a pagar tributos y prestaciones que iban a parar al ejército. Por este motivo, muchas veces para conservar la posesión de las tierras o bien para recuperarlas, los ocupados decidían participar en operaciones militares dentro del ejército turco.
Pero, la autoridad del Imperio Otomano fue escasa y por este motivo, fueron derrotados por los mamelucos que volvieron a recuperar posiciones importantes que anteriormente habían disfrutado. Los turcos no influyeron positivamente en los territorios egipcios, sobre todo desde el punto de vista económico debido a que se perdió el comercio de las especias.
