A la vuelta a Ginebra Calvino no logra todo lo que quiere, por ejemplo, no se celebra la Santa Cena todas las semanas. Más bien rige la costumbre de Berna donde se comulga cada tres meses. También surgen conflictos en otras áreas. Calvino quiere ampliar la disciplina eclesiástica y practicarla. Según él, el consistorio debe tener la posibilidad de citar, interrogar y en caso dado sancionar – hasta excomulgar – a aquellos miembros de la comunidad a los que considera haber cometido infracciones contra la doctrina o la moral. El Consejo de la ciudad rechaza esta idea porque teme la implementación de tribunales paralelos a la jurisdicción oficial del gobierno. Después de algunas vueltas, Calvino logra imponerse; primero con concesiones, pero en 1555 consigue lo que quiere.
Hoy día tenemos problemas con esto de la “disciplina eclesiástica“, porque parece limitar los derechos del individuo. Pero no es ésta la intención de Calvino. Él piensa que una comunidad cristiana tiene que velar por la conducta de sus miembros, y que frente a situaciones serias cabe preguntarse si los infractores realmente pueden seguir perteneciendo a la comunidad. En este punto, Calvino encuentra apoyo y orientación por Mateo 18, donde se habla de cómo tratar las faltas de los miembros de la comunidad.
La pregunta de la disciplina eclesiástica es el punto más conflictivo en relación con el Consejo de Ginebra. Sin embargo, más importante dentro del Orden Eclesiástica es la dirección de la comunidad misma. Aquí, el orden cuádruple de Calvino ha marcado el camino de la iglesia reformada, vale decir, un régimen que se divide en cuatro cargos: pastores, profesores, presbíteros y diáconos.
a. Los pastores tienen que predicar y enseñar, administrar los sacramentos (Bautismo y Santa Cena) y visitar a los enfermos. Una vez a la semana se reúne el convento de pastores de la ciudad y sus alrededores, interpreta la Biblia en comunidad y se evalua mutuamente.
b. Los profesores tienen la tarea de “enseñarles a los fieles la doctrina de la salvación“. En el sentido estricto, esto significa interpretar el Antiguo y Nuevo Testamento. Ya que “para que esta enseñanza dé frutos”, se requieren conocimientos de idiomas y una formación general, la tarea de los profesores también incluye estas materias.
c. Cada año, los distintos consejos de la ciudad eligen a doce presbíteros. En conjunto con seis pastores (elegidos por sus pares) forman el consistorio. El consistorio cuida la Ley Eclesiástica dentro de la comunidad. Los miembros del consistorio deben “advertir amablemente a los que ven fallar o vivir en condiciones desordenadas“. Por lo tanto, el consistorio se preocupan por la conducta de la comunidad, la participación en los cultos y la doctrina. Si constata desconsideración o abuso, tiene que advertir los miembros primero amistosamente. Si esto no basta, puede excomunicarlos o denunciarlos ante los tribunales laicos. Las dos cosas ocurren muy raramente. Lo que más preocupa al consistorio es mediar en conflictos, muchas veces entre marido y mujer. Las reuniones semanales son los jueves. La Ley Eclesiástica define el espíritu del consistorio con las siguientes palabras: “Todo esto debe ser siempre tan moderado que no haya lugar para una rigidez aplastante, y las advertencias sólo tienen el fin de guiar a los pecadores hacia nuestro Señor.“ El consistorio no debe intervenir en el área del poder laico ni en el trabajo de los tribunales de la jurisdicción oficial.
d. Los diáconos tienen dos tareas: el apoyo a los pobres y la preocupación por los enfermos. La primera consiste en conseguir limosnas y distribuírlas entre los necesitados; aquí también entra la alimentación de los pobres. La segunda tarea concierne a la organización de los hospitales y de los albergues para forasteros. Los pobres son atendidos en forma gratuita, y para los niños hay un profesor que trabaja dentro del hospital. (Todas las citas son tomadas de la Ley Eclesiástica).