Ante la proximidad de su muerte, Calvino redactó su testamento, diciendo: «Doy testimonio de que vivo y me propongo morir en esta fe que Dios me ha dado por medio de Su Evangelio, y que no dependo de nada más para la salvación que la libre elección que Él ha hecho de mí. De todo corazón abrazo Su misericordia, por medio de la cual todos mis pecados quedan cubiertos, por causa de Cristo, y por causa de Su muerte y padecimientos. Según la medida de la gracia que me ha sido dada, he enseñado esta Palabra pura y sencilla, mediante sermones, acciones y exposiciones de esta Escritura. En todas mis batallas con los enemigos de la verdad no he empleado sofismas, sino que he luchado la buena batalla de manera frontal y directa.»
Calvino mantuvo su salario de cien coronas y rehusó aceptar más. Después de vivir 55 años, sólo dejó 300 coronas a sus herederos, incluyendo el valor de su biblioteca, que se vendió a gran precio. Cuando Calvino abandonó Estrasburgo para volverse a Ginebra, quisieron darle los privilegios de ciudadano libre de su ciudad y el salario de un prebendado, que le había sido asignado. Aceptó lo primero, pero rehusó rotundamente lo segundo. Llevó consigo a uno de sus hermanos a Ginebra, pero jamás se esforzó por que se le diera un puesto honorífico, como hubiera hecho cualquiera que poseyera su posición. Desde luego, se cuidó de la honra de la familia de su hermano, consiguiéndole la libertad de una mujer adúltera y licencia para que pudiera volverse a casar. Pero incluso sus enemigos cuentan que le hizo aprender el oficio de encuadernador de libros, en lo que trabajó luego toda su vida.
Dispuso que su lugar en Ginebra fuera ocupado por Teodoro de Beza, su más fiel seguidor y quien se destacó contra Castalión