Desarrollo de la conquista castellana: Primera Fase (1488-1490).
En esta segunda fase que gira en torno 1488-1490, los Reyes Católicos, cambiaran otra vez de bando, buscando el apoyo en el tío de Boabdil, Muhammad. Ahora con la ayuda de este personaje se dirigirán hacia la zona oriental del reino nazari. La campaña de 1488 termina con la toma de Vera, los Velez, Tabernas, Purchena y algunos lugares del valle de Almanzora.
1489 es el año del cerco y conquista de Baza, de cuya defensa se había hecho cargo Yahya al-Nayyar, descendiente de Yusuf IV ibn al-Mawl, que milita en las filas del zagal. Por su parte, éste se encuentra atrincherado en Guadix a la espera de los acontecimientos que no tardaran en producirse. El asedio de Baza da lugar entre los meses de junio y noviembre del año citado y termina por convertirse en una pesadilla semejante a la malagueña, durante meses los castellanos pelean encarnizadamente por entrar en la plaza mientras que, en su retaguardia, el exagerado coste de la campaña despierta un malestar entre los RR.CC. A causa de ello, ofrecen los reyes una capitulación, a la que la población acepta rápidamente a causa de las penurias que estaban viviendo. Junto a Baza se consiguen los territorios de Guadix, Almería, Almuñecar y buena parte de la Alpujarra.
Esta situación de auge para los RR.CC, se puede entender como una venganza de parte de Zagal sobre su sobrino.
A principios de 1490 Muhammad Ibn Sa’d pasa a convertirse en vasallo de Castilla, recibiendo en compensación las rentas de varios distritos alpujarreños. Poco mas tarde los reyes reclamaban a Boadbil para que entregue Granada conforme a lo pactado en 1486, pero éste no acepta, iniciando un ataque a Salobreña en el verano de 1490.