Revuelta y conversión al cristianismo (1499-1500).
En torno al año 1499, los Reyes Católicos vuelven a la ciudad. Por entonces ya se habían dado casos de conversión al cristianismo entre los mudéjares, pero todavía en pequeñas cantidades, ya que los conversos perdían sus derechos a heredar bienes familiares de acuerdo con lo establecido en la ley canónica musulmana.. Por eso los reyes ordenan que se respeten estos usos a fin de que no sirviera de freno a futuras conversiones. Esta medida suponía una violación a lo pactado en las capitulaciones lo que provocaran numerosas tensiones.
Unos años antes se había planteado que hacer con estos musulmanes que todavía habitaban las calles del reino. Se había pensado que podían vivir como una comunidad a parte, ya que la expulsión de todos, provocaría un desastre en la economía que no se podían permitir, junto a ello se estableció como idea principal ir orientándolos hacia el cristianismo.
Orientada a este objetivo era la tarea de Fraile Hernando de Talavera que había emprendido, instando a sus clérigos que aprendieran el árabe como un medio para facilitar el adoctrinamiento.
Poco antes de la corte partiese para Sevilla en noviembre de 1499, había llegado a la capital granadina otro fraile castellano, Fraile Hernando Jiménez de Cisneros. 
Irritado por el ritmo tan lento de las conversiones decide forzarlas, reuniendo a los alfaquíes de la ciudad, a los que intenta persuadir para que acepten el bautismo. Ya que Cisneros, pensaba que tras ello, se convertiría el resto de la población.
Seguida de esta practica, inicia la transformación de la mezquita del Albaicin en una iglesia, lo cual no es aceptado por la población mudéjar, iniciándose por ello las sublevaciones. A consecuencia de ello, y como medio represivo, se aceleran las conversiones, bautizando en solo una semana a 5.000 musulmanes.
Seguido de esta situación, se realizan más sublevaciones que tendrá en jaque a los Reyes Cristianos hasta el año 1500. No obstante, ante nuevos levantamientos, los reyes deciden imponer la conversión o el exilio, eligiendo la mayoría de la población la primera opción.