Cuando murió Fernando el Católico, Cobos se vio ante un gran dilema. Quedarse al servicio del cardenal Cisneros o marchar directamente a la corte flamenca del futuro rey de España. Decidió ponerse en marcha hacia Flandes en la primavera de 1516. Allí fue presentado al Gran Chambelán Chièvres y en diciembre era nombrado secretario del Rey.
La corte flamenca, formada por miembros de la vieja nobleza flamenca y borgoñona, hacía gala de una gran ostentación. Banquetes, cacerías y torneos eran algo habitual. Tras unos primeros años de formación en la ciudad de Malinas, Carlos se instaló en Bruselas. Ésta es la ciudad en la que Cobos inició su andadura al lado del Emperador y en la que podemos visitar los restos del palacio de Coudenberg, residencia de Carlos V.
Se sabe poco de las actividades que Cobos desarrolló en los periodos que pasó en Flandes pero lo cierto es que acompañaba constantemente al Emperador y que, por supuesto, estuvo en su coronación en Aquisgrán como Rey de Romanos, título previo al de Emperador. La catedral de Aquisgrán ( Aix-la-Chapelle) fue uno de los primeros lugares considerados como Patrimonio de la Humanidad. Su origen se remonta al siglo VIII.
En la ciudad alemana de Worms se producirá un hecho importante para la carrera de Cobos. Chièvres muere a causa de la peste. Desde ese momento Gattinara asumió la política exterior y D. Francisco pasó a despachar personalmente con el Emperador los asuntos de España.
La Corte abandonó Worns parando en Colonia donde Carlos entregó a Cobos una gran reliquia: 4 cabezas de las 11.ooo vírgenes martirizadas en esta ciudad. Esta reliquia formó parte durante mucho tiempo del tesoro de la Capilla de El Salvador aunque ya ha desaparecido.
Su primer viaje a Italia supone un gran avance en su carrera al ser nombrado Consejero de Estado. Inicia también su labor como diplomático internacional. Es en este viaje cuando tuvo lugar la coronación de Carlos como Emperador. Todo un espectáculo. Carlos V entró en Bolonia el 5 de noviembre de 1529 y la coronación tuvo lugar el 22 de febrero de 1530 en la iglesia de San Petronio. Entre los caballeros que tomaron parte en la ceremonia estaba nuestro hombre situado cerca del Emperador y vestido con todo lujo: “ropa de tela de oro, morada, aforrada de terciopelo morado, cadena de oro, sayete de lo mismo”.
La Corte dejó Bolonia para dirigirse a Mantua. En una de las fiestas que se celebraron en alguna de estas ciudades Cobos conoció a la condesa de Novellara invitándolo junto a otros amigos a su castillo, La Rocca. Durante esta visita conoció a Cornelia Malespina, camarera de la condesa y con la que tuvo una aventura. En estos momentos tenía más de 50 años. Y durante doce mantuvo correspondencia con las dos, y ellas con él.